Mekanizma
Q-banding ve G-banding paternleri bu tür benzerlikler gösterdiğinden, mekanizmalar açıkça aynı kromozom kompozisyon parametrelerinden etkilenir (bkz. G-banding). Q-bantlama modeli, guanin için nitrojen hardallarının spesifikasyonu ile açıklanmaktadır.
Kinikrin floresansı, AT dizileri açısından zengin ve GC açısından zengin bölgelerde söndürülen DNA bölgelerinde arttırılır, böylece Q-bant deseni üretilir. Kromozom bantlarının değişen AT/GC DNA içeriği bu nedenle kinikrin ile tedavi edildiğinde boyama yoğunluğundaki farklılıkları açıklar.
Uygulamalar
Q-bantlama, analiz için bir floresan mikroskobu gerektirir. Q-bantlı kromozom preparatları, analiz sırasında floresan hızla azaldığından rutin sitogenetik incelemeler için uygun değildir. Ancak bu bantlama yöntemi, Y kromozomu ve akrosentrik kromozomların uydu bölgeleri ile ilişkili heteromorfizmlerin spesifik olarak incelenmesi için faydalıdır.
Kısa kollu ve uydu heteromorfizmlerinin Q-bantlama kalıpları, örneğin, bazen ebeveyn kökenini ve akrosentrik kromozomları içeren trizomilerdeki mayotik ayrılmama aşamasını belirlemek için kullanılabilir.
Ters bantlama (R-bantlama)
Kromozomların R-bantlanması, Q- ve G-bantlarını tamamlayıcı niteliktedir ve ilk olarak 1971’de rapor edilmiştir. Slaytlar, 85-89°C’de fosfat tamponunda inkübe edilir, ardından Giemsa veya akridin turuncusu ile boyanarak bir bantlama paterni elde edilir. G- veya Q-bantlamanın tersi. Giemsa ile boyandığında bantlar soluktur ve analiz için faz kontrastı gerektirir.
Bu, geliştirilecek ilk floresan olmayan bantlama tekniğiydi. Akridin turuncusu boyama kullanıldığında, pozitif R-bantları yeşil/sarı floresan, negatif R-bantları ise turuncu/kırmızı floresan verir. R-bantlama, slaytlar birkaç gün boyunca oda sıcaklığında veya gece boyunca 60°C’de yaşlandırıldığında en başarılıdır. Taze yapılmış slaytlar, tamponda daha kısa inkübasyon süreleri gerektirir.
Kromozom bantlama teknikleri
G Bantlama boyama metodu
G Bantlama yöntemi
T Bantlama Nedir
G Bantlama Protokolü
Kromozom bantlama yöntemleri pdf
G bantlama temel prensibi
Q Bantlama nedir
Mekanizma
Akridin Portakalı Kullanarak R-bantlama
G- ve Q-bantlamaya gelince, R-bantlama modeli, kromozomların yapısal ve fonksiyonel yapısını yansıtıyor gibi görünmektedir. Pozitif R bantları GC açısından zengindir, erken kopyalanır ve temizlik genleri içerirken, negatif R bantları AT açısından zengindir, geç kopyalanır ve temizlik genleri içermez.
R-bantlama modeli, GC ve AT açısından zengin kromozomal bölgelerin diferansiyel denatürasyonu ile üretilir. AT açısından zengin bölgeler daha düşük bir sıcaklıkta denatüre olur ve akridin turuncusu ile kırmızı floresan verir. Akridin turuncusu, çift sarmallı GC açısından zengin bölgelerin baz çiftleri arasına girer ve sarı floresan verir.
Giemsa tedavilerinin neden aynı zamanda R-bantlama ürettiği tam olarak net değildir. Bu, proteinlerin AT açısından zengin ve GC açısından zengin kromozomal bölgelerle farklı etkileşimlerinden kaynaklanabilir. Yaşlı slaytların daha kısa inkübasyon süreleri gerektirmesi ve daha iyi R-bantlama sağlaması gerçeği, slaytlar yaşlandıkça genel yapılarının daha stabil hale geldiğini ve çeşitli ajanlar tarafından bozulmaya karşı daha az savunmasız hale geldiğini göstermektedir (bkz. G-bantlaması).
Uygulama
Sitogenetik laboratuvarların büyük çoğunluğu rutin araştırmalar için G-bantını kullanmasına rağmen, birçok Fransız laboratuvarında R-bantlama rutin kromozom analizi için kullanılan yöntemdir. Bu bantlama tekniği genel olarak G-bantlamanın ardından mevcut olmayan hiçbir yeni bilgiyi ortaya çıkarmaz, ancak bazı durumlarda, özellikle terminal kromozomal sınır değerler söz konusuysa, yapısal anormalliklerin sınır noktalarını daha doğru bir şekilde tanımlamak için kullanılabilir.
Yapısal Heterokromatin Bantlama (C-bantlama)
C-bantlama prosedürü, kromozomların asit (HCl), alkali (BaOH2) ve sıcak tuz çözeltisi (2xSSC) ile muamele edilmesini içerir. C-bantlı kromozom preparasyonları, yapısal heterokromatin bölgelerinin koyu boyanması dışında, genel olarak hafif boyanmıştır. Bunlar, distal uzun kolda bulunan Y kromozomu hariç tüm kromozomların sentromerlerinde bulunur.
Mekanizma
Sert C-bantlama tedavilerinin, C-bant olmayan kromozom bölgelerinden tercihli DNA ve protein kaybını kolaylaştırdığı düşünülmektedir. Asit ve alkali tedavileri sırasında kromozomal DNA’nın ardışık depurinasyonu ve denatürasyonu meydana gelir. Tuz muamelesi sırasında başka küçük DNA parçaları kaybolur ve geriye sadece sıkıca sıkıştırılmış sentromerik heterokromatin kalır. C-bant bölgelerine bağlı histon olmayan proteinler, bu lokuslarda meydana gelen aynı DNA denatürasyonunu önleyebilir.
Uygulamalar
Tüm kromozomların, özellikle 1, 9, 16 ve Y kromozomlarının C-bantları, bireyler arasında olduğu kadar homologlar arasında da büyüklük bakımından farklılık gösterir. C-bantlarının boyutundaki aşırı varyasyonun fenotipik etkisi yoktur, çünkü bu bölgeler sadece yapısal heterokromatin içerir ve önemli genler içermez.
G-bantlaması ile tespit edilen ekstra bir bant veya anormal kromozom segmentinin, heterokromatik bir bölgenin normal bir varyasyonunu veya olası klinik öneme sahip bir ökromatik kromozomal anormalliği temsil edip etmediği açık değilse, C-bantlı analiz kesin bilgi sağlayabilir.
C-bantlama, bazen trizomili hastalarda ayrılmama kökeninin belirlenmesini sağlayabilir. İlgili kromozom dikkate değer bir heterokromatik varyanta sahip olduğunda, probanddan C-bantlı preparatları ve her iki ebeveyni karşılaştırmak, hangi ebeveynde ve muhtemelen mayoz bölünmenin hangi aşamasında trizomiye neden olan ayrılmama hatasının meydana geldiğini gösterebilir.
Nükleolar Düzenleyici Bölge Boyama (NOR boyama)
İnterfaz çekirdeklerde nükleolusu oluşturan ve koruyan ribozomal RNA genleri, akrosentrik, uydulu kromozomların (13, 14, 15, 21 ve 22) kısa kollarında bulunur. Kromozom preparatları gece boyunca gümüş nitrat çözeltisi ile muamele edildiğinde, bu nükleolar düzenleyici bölgeler (NOR’ler) koyu renk boyanır.
Akrosentrik kromozomların uydularının genellikle hücreler içinde bir arada gruplandığı görülür. Uydu birlikteliği adı verilen bu fenomen, muhtemelen hücrenin çekirdekçiklerinin organizasyonundaki farklı NOR’ların ortak işlevini yansıtır.
Mekanizma
NOR boyama, kromozomlardan DNA, RNA ve histonların ekstraksiyonunu içerir. Aslında bu yöntemle seçici olarak boyananlar, NOR’ların kendisinden ziyade NOR’lara bitişik kalıntı histon olmayan proteinlerdir. Çalışmalar, bu yöntemin yalnızca hücre döngüsünün önceki interfazında nükleol oluşumuna katılan aktif NOR’ları boyadığını göstermiştir.
Uygulama
Metafaz yayılımı başına tespit edilen NOR sayısı bireyler arasında değişiklik gösterir, çünkü yalnızca önceki interfaz aşamasında nükleol oluşumuna katılan aktif NOR’lar boyanır. Akrosentrik kromozomların NOR boyama paterni birey içinde tutarlıdır ve kalıtsaldır.
NOR paternleri ve akrosentrik uyduların Q-bant görünümü, bu nedenle, ebeveyn kökenini ve/veya bu kromozomları içeren trizomilerde yer alan mayotik ayrılmama aşamasını belirlemek için faydalıdır. NOR boyaması, küçük işaretleyici kromozomların karakterizasyonu için, onların uydu olup olmadıklarını ve dolayısıyla akrosentrik bir kromozomdan türetilip türetilmediklerini doğrulamak için yararlıdır.