Antimikrobiyal Direncin Moleküler Tespiti
Geleneksel olarak, antimikrobiyal direnç, seçilen terapötik ajanların uygun konsantrasyonlarının mevcudiyetinde bir bakteriyel patojen yetiştirmeye çalışılarak belirlenir. Ne yazık ki, bakterilerin değişken büyüme oranları, doğal bir zaman gecikmesine neden olur, bu nedenle sonuçlar, patojenin ilk izolasyonundan saatler sonra elde edilebilir.
Direncin genetik temelinin giderek daha fazla anlaşılması, moleküler yöntemlerin geliştirilmesinin direnç fenotiplerinde bulunan genomik değişiklikleri hızla tespit etmesine izin verdi. Bu yaklaşım, stafilokoklarda metisilin direncini kodlayan Mec A geninin, Streptococcus pneumoniae’da penisilin bağlayan proteinin ve Mycobacterium tuberculosis’te çeşitli rifampisin direnç belirleyicilerinin tanımlanmasında uygulanmıştır.
Bununla birlikte, moleküler yöntemlerin belirli sınırlamaları vardır; tanınmayan veya yeni direnç mekanizmaları gözden kaçabilir ve dirençle sonuçlanan farklı genlerin sayısı büyük olduğunda, moleküler yöntemler maliyetli hale gelir. Sonuç olarak, fenotipik tahliller çoğu bakterinin test edilmesi için tercih edilen yöntem olmaya devam etmektedir.
Epidemiyoloji ve Yazım
Bakterilere uygulanan geleneksel tipleme yöntemleri arasında faj tiplemesi ve serotipleme yer alır. Bu tür yöntemler, özellikle Mycobacterium tuberculosis gibi yavaş büyüyen organizmalara uygulandığında, genellikle düşük ayrım gücü ve zayıf yeniden üretilebilirlik gösterir.
Tekrarlanan DNA sekansı IS 6110, sokma sekansının PCR amplifikasyonuna ve kısıtlama enzimi fragmanlarının Southern blotlanmasına dayanan bir tipleme şemasına izin vermek için yeterli polimorfizmi gösterir. Ekleme dizisinin yalnızca tek bir kopyasını taşıyan suşlar, IS 6110 tipiyle ayrılamaz.
Antimikrobiyal direnç nedir
Antimikrobiyal direnç mekanizmaları
Antimikrobiyal ne demek
Antimikrobiyal direnç pdf
Antibiyotik direnç mekanizmaları pdf
Antibiyotik direnç mekanizmaları ppt
Antimikrobiyal maddeler
Kazanılmış direnç nedir
Bu tür izolatlar, başka bir tekrarlayan eleman olan DR dizisi kullanılarak araştırılabilir. Her durumda, hedef gen, benzersiz dizilerle ayrılmış doğrudan tekrarlardan oluşur. Bu benzersiz dizilerin değişkenliği, restriksiyon enzimleri ile kesildikten sonra, fragman uzunluğu polimorfizmini sınırlandıran farklı bantlama modellerine yol açar.
DR bölgesindeki DNA dizilerini büyütmek ve etiketlemek için geliştirilen yöntem, ayırıcı oligotipleme veya “spoligotipleme” olarak bilinir. Bu tür yöntemler, şüphesiz mikroepimikleri ortaya çıkarmış ve son zamanlarda edinilen hastalığın tüberküloz yükü için artan önemini göstermiştir.
Multilocus sekans tipleme (MLST), çoklu dirençli Staphylococcus aureus’un (MRSA) ayrı ayrı tiplerinin yayılma yollarına ilişkin bilgi sağlamıştır. MLST, bir veri tabanına veri girişi kolaylığını içeren darbeli alan jel elektroforezine (PFGE) göre avantajlara sahiptir.
Moleküler Yöntemlerle İlgili Sorunlar
Moleküler yöntemler enfeksiyonun tanı ve yönetiminde ilerlemelere yol açsa da, çözülmesi gereken önemli sorunlar vardır. Bu tekniklerin kaynak gereksinimleri, yerini almaya çalıştıkları geleneksel yöntemlerden genellikle daha fazladır.
Özel ekipman ve reaktifler, daha fazla operatör eğitimi ihtiyacı ile birleştiğinde, rutin tanı laboratuvarlarında moleküler yöntemlerin uygulanmasını sınırlandırmıştır. DNA araştırmasına ve özellikle DNA amplifikasyonuna dayanan tahlillerin artan hassasiyetinin klinik önemi belirsiz olabilir.
Örneğin, rutin mikroskopide yayma pozitif bir balgam örneği, yaklaşık 104 tüberkül basili içermelidir. Bu göreceli duyarlılık eksikliğine rağmen, bulgular bulaşıcılığı tahmin etmek için büyük klinik değere sahiptir. Buna karşılık, uygun tedavi ile bir hastadan alınan balgam numunesi üzerinde gerçekleştirilen M. tuberculosis için pozitif bir PCR tahlilinin önemi daha az kesindir.
DNA amplifikasyonunun performansında taşınmaya bağlı yanlış pozitif reaksiyon tehlikesi iyi tanımlanmıştır. Bunun aksine, bu yöntemlerde kullanılan kısıtlı test hacimleri, klinik örneklerde patojenin homojen olmayan dağılımı ile ilişkili örnekleme hatası nedeniyle yanlış negatif sonuçlara neden olabilir.
Son olarak, birinci nesil moleküler yöntemler, yalnızca bir patojenin varlığını veya yokluğunu tespit etmek için tasarlandı ve organizmanın yaşayabilirliği hakkında hiçbir bilgi vermedi. Canlılığı belirlemeye yönelik geleneksel teknikler, hücresel bütünlüğün veya aktivitenin gösterilmesine dayanır ve DNA tespiti ile canlılık arasındaki korelasyon zayıftır.
Canlılığın değerlendirilmesi için moleküler hedefler, mRNA ve rRNA’yı içerir. RRNA türlerinin daha uzun yarılanma ömrü ve çeşitli bakteriyel stres tedavilerini takiben değişken tutulmaları, rRNA’yı mRNA hedeflerinden daha az doğru bir canlılık göstergesi yapar. Daha sonraki tahliller bu kusuru düzeltse de, karmaşık olma eğilimindedirler ve gerçekleştirilmeleri daha zordur.
Gelecek Uygulama
Anaerobik bakteriler gibi kültürde büyümesi zor olan diğer organizmalar veya solunum yolu enfeksiyonu ve osteomiyelit dahil olmak üzere tanı için örnekler alınmadan önce antibiyotik tedavisinin verildiği durumlar için moleküler yöntemlerin geliştirilmesi muhtemeldir.
Moleküler yöntemler, koagülaz negatif stafilokokların ve hemolitik streptokokların klinik izolatlarının olası virülansına ilişkin yararlı bilgiler sağlayabilir. Genotipleme, hastanelerde antibiyotik direncinin yayılması ve çapraz enfeksiyon mekanizmalarıyla ilgili çalışmalara yardımcı olabilir.
Moleküler yöntemler bulaşıcı hastalıklar alanında henüz devrim yaratmamış olsa da, otomatikleştirilmiş iş istasyonlarının piyasaya sürülmesi standardizasyonu iyileştirecek, maliyetleri düşürecek ve klinik laboratuvarda moleküler yöntemlerin daha geniş uygulanmasına yol açacaktır.
Bakteriyolojide Diğer Testler
Bir bakteriyoloji teşhis laboratuarındaki çalışmanın önemli bir kısmı bakteri kültürüdür. Bakterilerin bu şekilde tanımlanması, özellikle patojenik organizmalar büyüdüğünde kesin tanıya izin verir; bununla birlikte, kommensal organizmalar yetiştirildiğinde, bunların rolü hastanın hastalığıyla ilgili olmayabilir.
Tanıya kültür yaklaşımıyla ilgili diğer problemler, bazı bakterilerin büyümesinin zor olması (örneğin, Legionella pneumophila, Lejyoner hastalığının nedeni), bazılarının kültürlenememesi (örneğin, sifilizin nedeni Treponema pallidum) ve bazılarının kültür için çok tehlikeli olmasıdır. (Brucella abortus gibi, brusellozun nedeni). Bu sınırlamalara rağmen, bakteri kültürü, teşhis bakteriyoloji laboratuvarının temel dayanağı olmayı sürdürmüştür.
Bu bölüm, bir hastanın hastalığının potansiyel bir nedeni olarak diğer bakteri tanımlama yöntemlerini ele alacaktır. Tanıya doğrudan yaklaşımlar, bakterilerin tanımlanması (antijen tespiti) veya bakterilerin varlığına karşı spesifik antikorların tanımlanmasıdır (antikor tespiti).
Antikor saptama teknikleriyle, IgM’nin varlığı, IgG antikorunun dört kat artması, düşük IgG aviditesi veya yüksek IgA seviyeleri mevcut enfeksiyonu gösterebilir. Antikor sonuçlarının mevcut enfeksiyonu göstermesine rağmen enfeksiyonun hastalığa neden olmayabileceğini hatırlamak önemlidir. Bu nedenle, Toxoplasma gondii için hassas spesifik bir IgM testi pozitif olabilir, ancak bu hastanın semptomlarıyla ilgili olmayabilir, ancak basitçe geçmiş enfeksiyonu temsil eder.
Bağışıklık kompleksi oluşumu, herhangi bir enfeksiyon sırasında doğal bir süreçtir. Uzun yıllar boyunca, bağışıklık kompleksleri içindeki belirli mikroorganizmaları tanımlamaya yönelik karmaşık ve yaratıcı yöntemler olmuştur.
Başarı sınırlı olmuştur, ancak bu alan mikrobiyologlar için büyük bir entelektüel zorluk olmaya devam etmektedir. Son olarak, birçok bakteriyoloji laboratuvarında doğrudan bakteriyel enfeksiyon testleri yapılmaktadır.
Bu testler iki gruba ayrılır. Birincisinde, organizmayı tanımlamak için belirli bir enfeksiyonun belirteçleri kullanılabilir (gaz-sıvı kromatografisi ve nefes testleri gibi). İkinci grup, genel enfeksiyon belirteçlerini içerir ve herhangi bir bakteriye (C-reaktif protein gibi) özgü değildir.