Kromozom Analizi
Sitogenetikçi, tüm kromozom çiftlerinin tanınan normal bantlama paternini gösterdiği konusunda tatmin olursa, normal bir karyotip rapor edilebilir. Karyotipler, ISCN terminolojisi kullanılarak açıklanmıştır. Genel olarak, bu şu sıraya sahiptir: toplam kromozom sayısı, cinsiyet kromozomu yapısı, anormalliğin tanımı (varsa) ve bunların her biri virgülle ayrılır.
Böylece normal dişi karyotip formülü 46,XX ve normal erkek karyotipi 46,XY'dir. Bir kromozom anormalliği tespit edildiğinde, uygun karyotip formülü atanır. Her tür yapısal anormallik, ilişkili bir ISCN kısaltmasına sahiptir, örn. yer değiştirme için 't', ters çevirme için 'i' vb yer alır.
İlgili kromozomlar ve herhangi bir kesme noktası, atanan karyotipik formüle dahil edilir, örn. Şekil 36.10'da gösterilen anormal karyotip 46,XY,t(5;14)(p15.2;q24.1) formülüne sahiptir. Bu, kromozom 5'in p kolunda 15.2 bandında kırıldığını, kromozom 14'ün ise q kolunda bant 24.1'de kırıldığını gösterir.
Anormallik belirsizse veya mikroskobik inceleme ile kırılma noktaları net değilse, karyotiplerin hazırlanması, anormalliğin tam yapısını karakterize etmeye yardımcı olabilir. Eskiden bu, anormal hücrelerin fotomikroskopi kullanılarak fotoğraflanmasını, filmin geliştirilmesini, filmin basılmasını, kromozomların standart karyotip sırasına göre kesilmesini ve yeniden düzenlenmesini içeriyordu.
Günümüzde, tanısal sitogenetik laboratuvarlarında karyotip üretimi, özel görüntü analiz sistemleri kullanılarak önemli ölçüde kolaylaştırılmıştır. Bu sistemler, mikroskobu, analiz edilecek metafaz yayılımının dijital görüntüsünü yakalamak için kullanılan bir dijital kameraya bağlar.
Özelleştirilmiş sitogenetik yazılım daha sonra, çıktısı alınabilen ve/veya elektronik olarak saklanabilen nihai bir karyotip üretmek için bir bilgisayar ekranında kromozomların düzenlenmesini sağlar.
Genetik bozukluklar nelerdir
Sayısal kromozom anomalileri
Genetik bozukluk neden olur
Kalıtsal bozukluklar
Tedavisi olmayan genetik hastalıklar
Genetik bozukluk tedavisi
Kromozom anomalileri
Yapısal kromozom anomalileri
Edinilmiş Kromozom Anormallikleri İçin Kromozom Analizi
Malignitelerin (lösemiler ve katı tümörler) sitogenetik analizi, ilişkili edinilmiş kromozom anormalliklerini saptamak için rutin olarak gerçekleştirilir. Bu tür anormalliklerin tespiti, hastalık teşhisi, hasta prognozu ve tedaviye yanıtın izlenmesi ile ilgili hayati bilgiler sağlar.
Edinilmiş kromozom anormallikleri için kromozom analizi, yapısal analizden birkaç önemli farklılık taşır. Edinilmiş kromozom anormallikleri klonaldir ve sadece malign hücrelerle sınırlıdır. Ek olarak, malign hücrelerden elde edilen metafazlar, malign olmayan hücrelere kıyasla tipik olarak daha düşük morfoloji (kısa ve zayıf bantlar) gösterir.
İlk olarak, sitogenetik uzmanının küçük klonal anormalliklerin saptanmasını sağlamak için daha fazla sayıda hücreyi analiz etmesi önemlidir (yani, saptanan tüm hücreler anormal klona ait olmayabilir) ve ikinci olarak, önlemek için tüm metafazların temsili bir seçiminin incelenmesi önemlidir. Daha kaliteli fakat muhtemelen habis olmayan hücrelerin yanlışlıkla seçilmesi gerekir.
Moleküler Sitogenetik
Rutin tanısal sitogenetik alanındaki en son önemli gelişme, 1980'lerde moleküler sitogenetik tekniklerin tanıtılması olmuştur. Floresan in situhibridizasyon (FISH) tekniği ile insan karyotipinin belirli bölgelerini vurgulamak için kullanılabilecek çok çeşitli ticari olarak temin edilebilen problar mevcuttur.
FISH, herhangi bir bantlama tekniğinin sınırlarını aşan bazı çok ince anormalliklerin tespit edilmesini sağlar. FISH probları, bantlama teknikleri kullanılarak tespit edilen karmaşık veya tanımlanamayan kromozom anormalliklerini hızlı ve doğru bir şekilde karakterize etmek için de kullanılabilir.
Ayrıca, FISH probları, bölünen metafaz yayılımları mevcut olmasa bile, numunelerin önemli sitogenetik anormallikler açısından taranmasına olanak da tanır.
Amniyotik sıvı örnekleri, kromozom preparatları üretmek için kültürde yeterli hücrenin büyümesini 2 haftaya kadar beklemek yerine 24 saat sonra FISH tarafından belirli anormallikler için taranabildiğinden, bu hızlı doğum öncesi tanıyı mümkün kılmıştır. FISH, mitotik hücrelerin elde edilmesinin zor olabileceği malignite çalışmalarında da özellikle de yararlıdır.
Tüm rutin tanısal sitogenetik laboratuvarları, rutin bantlama yöntemlerini tamamlayan bu FISH testlerine artık çok fazla güveniyor. Birçok durumda FISH testleri aslında alternatif tam karyotip analizinden daha da uygundur.
Floresan Hibridizasyonu
Floresan in situ hibridizasyon (FISH), güncel genetik araştırma alanlarında önemli bir rol oynayan güçlü bir tekniktir. Kendileri floresan olan veya immünofloresan mikroskopi ile tespit edilebilen kimyasallarla etiketlenmiş tek sarmallı nükleik asit moleküllerinin (sondalar) belirli hedef nükleik asit dizilerini tanımlamak için kullanıldığı bir dizi ilgili prosedürü ifade eder. Sitolojik preparatlarda da bulunması söz konusu olabilir.
Teknik doğrudan, ilk olarak 1960'larda Speigleman tarafından öncülük edilen ve mikroskop lamları üzerinde sabit materyaldeki nükleik asit dizilerini tanımlamak için radyo-etiketli problar kullanılarak birkaç grup tarafından uyarlanan orijinal nükleik asit hibridizasyon deneylerinden türetilmiştir.
Erken örnekler, Xenopus oositlerinin nükleollerindeki ribozomal RNA genlerinin ve metafaz fare kromozomlarında sentromerik uydu DNA'nın tanımlanmasını içeriyordu. Protokoller o zamandan beri büyük ölçüde gelişmesine rağmen, temel adımlar büyük ölçüde değişmeden kaldı.
Tekniğin tüm varyasyonları, bir nükleik asit probu, bir sitolojik preparasyon ve bir saptama sistemi içerir. Tekniğin varyasyonları ve uygulamaları ile karşılaşılmadan önce sistemdeki temel adımlar bu noktada açıklanacaktır.
Prob Seçimi
Birçok durumda DNA'nın genomik bir klonu kullanılabilir, ancak daha sonra görüleceği gibi, kromozom boyama için başka DNA kaynakları da kullanılabilir. Günümüzde nadiren yapılmasına rağmen bazı uygulamalarda RNA molekülleri kullanılabilir. Prosedür sonunda hibridize materyali tespit etmek için prob kullanımdan önce etiketlenmelidir.
Prob tespitinde bir faktörün bir probun uzunluğu olduğunun farkına varmak önemlidir. Aynı etiketleme ve algılama sistemleri altında, daha küçük bir sonda her zaman daha uzun bir sondadan daha zayıf bir sinyal verecektir.
Bazı durumlarda 500 baz çifti kadar küçük problar saptanabilse de, yaklaşık 40 kb klonlanmış DNA içeren bakteriyofajdan türetilen vektörler olan kozmidler en popüler prob kaynaklarıdır.
Bakteriyel yapay kromozomlar (BAC'ler), P1 yapay kromozomlar (PAC'ler) veya maya yapay kromozomları (YACS'ler) gibi daha büyük ekleri taşıyan vektörlerde klonlanmış DNA, her durumda daha da iyi çalışacaktır.
Veri Üretimi
Uzun vadede bu tür elektronik kayıtların deşifre edilebilirliği sorunu bu soruyla sıkı sıkıya bağlantılıydı, çünkü temelde yazılım güncellemeleri ve değişiklikleri, verilerin sistem tarafından anlaşılmaz hale gelebileceği yeni bir “ortam” yaratacaktı. Ancak yalnızca yazılım sürümlerinin değişmesi değil, donanım değişikliklerinin çok basit nedeni verileri okunaksız hale getirebilir.
51⁄2 ”disketten 31⁄4” diskete, CD-ROM’lara ve Memory Stick’lere geçişi hatırlayın. Günümüzde hiçbir PC’de 51⁄2 ”disketler için bir yuva bulunmuyor, 31⁄4” disket muhtemelen önümüzdeki birkaç yıl içinde kaybolacak ve bu tür bir ortamda kaydedilen ve daha yeni olanlara zamanında aktarılmayan veriler geri alınamaz bir şekilde kaybolmak.
Bu nedenle, yazılımdan tamamen araçsal olanlara kadar bu gelişmelerden herhangi biri, deşifre edilebilirlik kaybı yoluyla veri kaybına katkıda bulunabilir. Ayrıca, ister diskler, bantlar veya diğer manyetik veya optik depolama ortamları olsun, depolama ortamlarının kendilerinin de eskimesi, eşzamanlı olarak tek bit bilgi kaybıyla birlikte bu ortamların bilgi içeriğini bozabilir.
Teknolojik gelişmeler bu endişelerin bir dereceye kadar yerini aldı. Daha düşük fiyat sınıfındaki bilgisayarlarda bile onlarca ila yüzlerce gigabayt depolama kapasitesine ulaşan sabit disklerle bilgisayar belleğinin fiyatındaki büyük düşüş, tüm test tesisinin tüm veri tabanının güvenli bir şekilde depolanmasına ve geri alınmasına olanak sağlamıştır. yeni verilere yer açmak için bantlara veri indirmeye gerek kalmadan dahili bilgisayar sisteminin kendisidir.
Bu şekilde, yazılım güncellemeleri artık büyük bir sorun olmaktan çıkıyor ve teyplerden verilerin alınmasını, sisteme yeniden eklenmesini ve arşivleme bandına yeniden kaydedilmesini gerektirmiyor. Veri üretiminde bilgisayarlı sistemler kullanıldığında dikkate alınması gereken bazı ek noktalar vardır; bunlar daha sonraki bir bölümde ele alınacaktır.
Ham veri tanımının belirli durumlarda uygulamayla uğraşırken dikkate alınması gereken bazı özel sorular ve konular olabilir. Bununla birlikte, GLP fikrinin arkasındaki mantık ve GLP İlkelerinde verilen ham verilerin tanımı akılda tutulduğunda tüm bunlar kolayca çözülebilir.
Bu nedenle, örneğin, laboratuvar veri sayfalarında manuel olarak toplanan veriler bir bilgisayar sistemine aktarılırsa, ne bilgisayar dosyası ne de bu dosyanın çıktısı ham veri olarak kabul edilemez.
Maks projesi Nedir
MAKS projesi maaş
MAKS Projesi Başvuru
Makinelerden veri toplama
Akan Veri Nedir
MAKS Kullanım Kılavuzu
Endüstriyel veri Toplama
Adres Kayıt Sistemi
Normalde bilgisayar destekli belirli bir faaliyet sırasında elektronik sistem greve giderse ve bu nedenle örn. hayvanların ağırlıkları manuel olarak kaydedilmelidir.
Böyle bir durumda, ilgili dosyanın eksiksiz ve güncel tutulması için ağırlıkların bilgisayar sisteminin veri tabanına daha sonra girilmesi gerekse bile, bu manuel kayıtların orijinal gözlemler olduğu açıktır. -tarih ve sistemin görevlerini doğru bir şekilde yerine getirmesini sağlamak için, örneğin kaydedilen vücut ağırlığına göre doğru dozları hesaplamak içindir.
Bununla birlikte, ilgili bilgisayar girişlerinin kağıt çıktıları, Kalite Güvencesi tarafından incelenmek ve bu verilerin sisteme doğru bir şekilde aktarıldığını göstermek için “gerçek” ham verilerle birlikte saklanabilir.
Belirli bir çalışmaya özel olarak bağlanmayan bu tür verilerde başka bir sorun ortaya çıkar. Örneğin alet kalibrasyonları, ilgili aparatın doğru çalışmasını sağlamak için düzenli olarak yapılmalıdır. Hayvan odaları ve bilgisayar odaları veya soğutulmuş depolama odaları gibi diğer odalar, çevre koşullarının sürekli ve sürekli yeterliliği açısından sürekli olarak izlenmelidir.
Herhangi bir spesifik çalışmanın doğrudan bir parçası olmasa da, bu tür çevresel kayıtlar, herhangi bir çalışmanın bütünlüğü üzerinde etkisi olabilecek orijinal gözlemlerdir ve bu nedenle ham veri olarak kabul edilmeleri gerekir.
Öte yandan, ham veri olarak kabul edilmeyen bilgilerden kesinlikle örnekler bulunabilir. Bu tür bir örnek, hayvan kafesi kartları olabilir: Çalışma personelinin görevlerini doğru bir şekilde yerine getirmelerini sağlamak için sadece olağan bilgileri içeren kafes kartları, hayvan ve kafes numarası, çalışma numarası, çalışma tarihleri gibi ham veri değildir, çünkü bu bilgi herhangi bir orijinal gözlemin sonucu ve çalışmanın yeniden inşası için gerekli değildir (ancak doğru kafes doluluğunun daha fazla kanıtı olarak hizmet edebilir). Ancak, bir teknisyen orijinal bir gözlemi kaydetmek için kafes kartını kullanırsa, tüm kartların ham veri olarak kaydedilmesi gerekir.
Aynı ham verilerin ayrı ayrı birden fazla yerde dosyalanması da gerekli hale gelebilir. Örneğin, birkaç test öğesinin paralel olarak çalıştırıldığı ve dolayısıyla in vitro çalışmalarda sıklıkla olduğu gibi aynı kontrollerin kullanıldığı bir araştırma durumunu ele alalım. Paralel olarak yürütülen tüm ayrı çalışmalar için geçerli olacak kontrol değerleri için bir dizi “orijinal gözlemler” olacaktır.
Bu çalışmaların ayrı varlıklar olarak raporlanması ve arşivlenmesi gerekeceğinden, her birinin kendi kontrol değerleri kaydı olmalıdır. Bu nedenle, “gerçek” ham verileri oluşturan kontrol verilerinin tek kaydı, farklı çalışmaları barındırmak için (muhtemelen birkaç kez) kopyalanmalıdır.
Aynı şekilde, tüm orijinal gözlemlerin, sonuçta birkaç çalışmadan elde edilen ham verileri içerecek olan bağlı bir laboratuvar not defterine girildiği durumlar da dikkate alınmalıdır. Orijinal ham veriler kesinlikle bu defterde yer alacaktır ve bu nedenle, dolduğu anda uygun bir şekilde arşivlenmesi gerekecektir.
Bu tür bir çalışmanın tamamlanması sırasında, defterin nihai konumu bilinmeyecektir ve bu nedenle, “doğrulanmış kopyalarının” çalışma ham verileriyle yapılması ve arşivlenmesi gerekecektir. Bu arada, bu kayıtlar, daha sonra çeşitli “ham veri” türleri arasında bir karşılaştırma yapılabilmesi için, not defterinin kendisinin kimliğini de taşımalıdır.
Son olarak, bu tür bir kopyalama, diğer durumlarda, örneğin, belirli ışığa duyarlı kağıt kayıtlarda olduğu gibi, kaydın oldukça hızlı bozulacak bir ortamda gerçekleştirildiği durumlarda da gerekli hale gelebilir. Bununla birlikte, bu kopyalar orijinalin köşeleri veya kenarları kesilmeden, gerçekten doğru kopyalarını temsil etmelidir; bu nedenle, normalde kopyalamayı yapan kişinin tarihli imzası ile doğrulanmaları gerekir.