Uygulamalı Biyosistemler İfade Dizisi Sistemi
Applied Biosystems Expression Array System, tüm insan genomunu temsil eden, mevcut transkript verilerini kullanan ve tamamen insan küratörlüğünde uzmanlar tarafından doğrulanmış gen açıklamalarına dayanan bir mikrodizi tasarımına dayanmaktadır. Her araştırma, hem Celera Genomics ek açıklamalarını hem de kamuya açık olanları içeren ilişkisel bir veritabanının parçasıdır.
Özel olarak geliştirilmiş kemilüminesan kimyalarla bir araya getirilen bu eksiksiz sistem, önceki nesil mikroarray sistemlerine göre daha fazla prob ve algılama hassasiyeti sunar. Ek olarak, mikrodizide temsil edilen 31097 insan geninin tümü için açıklama bilgileri, 1700 sistemiyle sağlanan bir Oracle1 veritabanına dahil edilmiştir.
Üreticiler sonucun, gen ekspresyonu araştırması için mikrodizi verilerinin hızlı ve doğru analizini yapabilen eksiksiz bir sistem olduğunu öne sürüyorlar. Mikrodizilerden 'takip' deneyleri, mikrodizi veri doğrulamasını, transkript üretiminin mutlak nicelleştirilmesini ve alternatif ekleme olaylarının araştırılmasını sağlayan kantitatif gerçek zamanlı PCR TaqMan1 prob tabanlı tahlillere bağlanarak elde edilebilir.
Applied Biosystems Expression Array System, dizileri kemilüminesansta görüntüleyebilen, çok düşük seviyelerde ve floresanda gen ifadesini araştırıp ölçebilen, özelliklerin yerini tespit edip otomatik ızgara yapabilen bir analiz cihazından (Applied Biosystems 1700 Chemiluminescent Analyzer) oluşur.
Invitrogen
Cellsway
Biosystems
Applied Biosystems TÜRKİYE
Mikro akışkan sistemler
Mikrosens
Mikro akışkan sistemler nedir
Nehir Biyoteknoloji
Son teknoloji ürünü bir CCD kamerayı içerecek şekilde tasarlanan 1700 sistemi, etiketli transkriptler bir mikro diziye hibritlendiğinde ortaya çıkan kemilüminesan sinyali hassas bir şekilde görüntüler. Ayrıca 1700 sistemi, mikrodizi problarına bağlanan gen ekspresyon ürünlerinin yokluğunda bile, mikrodiziyi floresan modunda ızgaraya, normalleştirmeye ve belirlemeye yönelik kesin doğrulukla görüntüler.
Yeni Applied Biosystems Expression Array System, kapsamlı gen ekspresyonu analizi sağlamak için hassas saptama kimyalarıyla birleştirilmiş en son genomik verileri kullanır.
Aşağıdakiler dahil çeşitli ücretsiz kitler mevcuttur:
Hücrelerden mRNA'yı digoksigenin etiketli cDNA'ya dönüştüren Kemilüminesan RT Etiketleme Kiti.
mRNA'yı hücrelerden digoksigenin etiketli cRNA'ya dönüştürürken aynı anda ve lineer olarak giriş RNA'sını yükselten Kemilüminesan RT-IVT Etiketleme Kiti. Elde edilen digoksigenin etiketli cDNA veya cRNA, Applied
Biosystems mikrodizisine özel olarak hibritlenir.
Oligonükleotid problarına bağlı digoksigenin etiketli cDNA veya cRNA'ya sahip özellikleri görselleştirmek için kullanılan Kemilüminesans Tespit Kiti. Görüntüleme, mikrodizinin bir anti-digoksigenin alkalin fosfataz konjugatı ile inkübe edilmesiyle sağlanır. Alkalin fosfataz, kemilüminesan bir substratı hidrolize eder ve 458 nm dalga boyunda ışık yayar. Sinyal yoğunluğu, hücrelerde ifade edilen mRNA seviyesi ile orantılıdır.
Üreticiler, mikrodizi üzerinde elde edilen kemilüminesan sinyallerin, önceki geleneksel floresan mikrodizilere göre daha yüksek hassasiyet ve daha büyük dinamik aralık sağladığını iddia etmekte ve ayrıca Applied Biosystems Expression Array System ile yüksek kaliteli verilerin mümkün olduğu kadar az miktarda elde edilebileceğini öne sürmektedirler. 100 ng toplam RNA başlangıç materyali.
Applied Biosystems İnsan Genom Araştırması Mikrodizileri, bilinen tüm genler için genel ve Celera verileri kullanılarak tasarlanmıştır (31 097). Bu mikrodiziler, özellik çapı 45 mm (kenardan kenara) boşluk olan oligonükleotidler içerir.
Oligonükleotitler, insan genomunun her bir geni için transkriptleri hedefler. Oligonükleotid probları Applied Biosystems'de sentezlenir ve maksimum özgüllüğü sağlamak üzere tasarlanmıştır. Mikrodizi üretiminden önce, tüm problar kalite kontrol için kütle spektrometrisi ile analize tabi tutulur.
Applied Biosystems mikrodizileri, etiketli cDNA veya cRNA örnekleri eklendikten sonra kolayca yeniden kapatılabilen bir yükleme portu içeren önceden monte edilmiş bir kartuşta kapatılır. Hibridizasyon tamamlandığında kartuş sökülür ve atılır. Mikrodiziler daha sonra partiler halinde işlenir ve bağlanmamış malzeme yıkanarak uzaklaştırılır.
Applied Biosystems Expression Array System'in bir parçası olan hedef (gen ifadesi) notasyonu için Oracle Database, günümüzün gen ifadesi çalışmalarında yer alan tüm laboratuvarlar için gerekli olan en son gen açıklama verilerini içerir ve tüm laboratuvarlar için tam depolama ve sorgu erişimi sağlar. deneysel veri.
Veritabanı, örneğin gen kısaltmalarını, gen adlarını, gen tanımlaması için çapraz referansları, genel (GO) ve Celera (PantherTM) gen ontolojilerini ve diğer ilgili bilgileri içerir. Ayrıca üreticiler, mikrodizi tarafından hedeflenen transkriptler hakkında en güncel bilgilerle açıklamaları sürekli olarak güncellemeyi taahhüt eder.
Illumina "Diziler Dizisi"TM
Illumina şirketi tarafından sunulan ifade dizileri, dizileri oluşturmanın temelde farklı bir yolunu oluşturur: boncukların desenli mikro kuyucuklu alt tabakalara rastgele kendi kendine montajı. Yüzeyleri boyunca binlerce kuyu içeren substratlar oluşturmak için hem fiber optik hem de mikro-elektromekanik sistem (MEMS) endüstrilerindeki teknolojik gelişmelerden yararlandılar.
Kantitatif olarak havuzlanmış boncuk kitaplıkları daha sonra yüksek yoğunluklu bir dizi platformu elde etmek için kazınmış mikro kuyu alt tabakalarına kendiliğinden monte edilir. Şu anda iki farklı Array of ArraysTM formatı, SentrixTM Array Matrix ve SentrixTM BeadChip mevcuttur.
Dizi Matrisi, her bir dizinin sonunda 3 mm'lik bir kuyu oluşturmak için kimyasal olarak kazınmış yaklaşık 50.000 ayrı ışık ileten fiber iplik içeren fiber optik demetler kullanır. Dizi demetleri, standart mikrotitre plakalarının kuyu aralığına uyan 96 dizili bir konfigürasyonda birlikte gruplanır.
Bu benzersiz format, kullanıcıların aynı anda 96 dizi üzerinde basit ve hızlı bir şekilde deneyler yapmalarını sağlar. Ayrıca platform, standart robotik ekipman kullanılarak otomasyon rutinlerine kolayca dahil edilebilir ve bu da daha az hata, işçilik ve kaynak gereksinimleri sağlar.
BeadChip formatı, aynı anda sekiz örneğin işlenmesine izin veren slayt boyutunda bir platformdur ve standart bir lazer tarayıcıda taranabilir.
Dizi formatından bağımsız olarak, her dizideki her boncuk yüz binlerce kovalent olarak bağlanmış oligonükleotit probu içerir. Her bir boncuk tipi için ortalama 30 kat fazlalık ile her dizide farklı prob dizileri içeren 1500'e kadar benzersiz boncuk tipi temsil edilir.
Boncuk montajından sonra, her bir kuyuda hangi boncuk tipinin bulunduğunu belirleyerek dizinin kodunu çözmek için hibridizasyon tabanlı bir prosedür kullanılır. Bu son işlem, her bir boncuk tipinin performansını doğrular.
İmmüno EM gibi, bu maddeleri gösteren yayınlanmış çalışmalar, tanısal histopatolojide gerçek bir rutin değere sahip olmaktan ziyade araştırma alanında yatmaktadır. Bununla birlikte, immunoEM’de olduğu gibi, özel ilgi alanları, deneyimleri veya araştırma bağlantıları olan kişiler veya laboratuarların bu teknikler için teşhis uygulamaları bulması da oldukça muhtemeldir.
Kullanım teknikleri, gösterilen maddeye bağlı olarak önemli ölçüde değişir. Trombosit peroksidaz gibi enzimler için, özel fiksatifler (örn. Tanik asit, formaldehit ve düşük konsantrasyonda glutaraldehit içeren) de gerekebilir.
Glikojen için osmiyum tetroksit fiksatifi, potasyum ferrosiyanid ilave edilerek modifiye edilebilirken, tipik TEM işlemi sırasında kaybolan lipidler için, bir imidazol-tamponlu osmiyum tetroksit çözeltisi de kullanılabilir.
Bunun tersine, nöroendokrin granüller için Uranaffin reaksiyonunda, glutaraldehit histolojik formaline tercih edilir, çünkü moleküller formalinden alınan dokudan kaybedilebilir ve bu da zayıf bir reaksiyona da neden olabilir.
X-ışını mikro analizi ve elektron kırınımı
Elektronların fiziksel bir örneğin atomları ile etkileşimlerinden biri, atomların etrafındaki elektron kabuklarındaki enerji seviyelerinin yeniden düzenlenmesine yol açar ve bu da X-ışınlarının yayılmasına neden olur. Bunlar atom numarasının karakteristikleridir ve dolayısıyla araştırılan materyalin kimyasal, temel doğasını da oluşturur.
Bu teknik kullanılarak çeşitli elementler klinik olarak anlamlı bir şekilde tanımlanabilir, en önemlisi çeşitli asbest fiber formları dahil olmak üzere solunum partikülleridir. Çoğu zaman, analiz için lifleri serbest bırakmak için dokuyu sindirmek de gerekebilir.
Elektron kırınımı tekniği, bir periyodikliğin ve dolayısıyla elektrona maruz kalan bir nesne içindeki kristalin doğanın gösterilmesinde potansiyel olarak yararlıdır, bunun bir sonucu olarak, yüksek yoğunlukta kesin olarak uzamsal olarak düzenlenmiş noktalardan oluşan kırınım modelleri gözlemlenir. Bu bilgi, farklı kimyasal bileşime sahip maddeleri de ayırt edebilir.
Donma-kırılma / donma-dağlama
Dondurma-kırma / dondurma-dağlama tekniğinde, doku hızlı bir şekilde dondurulur ve ardından özel olarak tasarlanmış ve ticari olarak temin edilebilen bir aletle üzerine keskin bir kenar vurularak kırılır. Kırılma düzlemi membran sistemlerinden veya üzerinden geçer ve metal gölgelemeyi takiben gözlem için bir yüzey de sağlar.
Metal gölgeleme, parçalanmış membranların yüzeylerine ek olarak gerçek membran yüzeylerinin daha geniş alanlarını ortaya çıkarmak için aşındırmadan sonra geciktirilebilir. Gerçek bir teşhis uygulaması yoktur, ancak teknik, hücre zarı organizasyonu hakkında yeni bilgiler sağlamak için insan hücrelerine ve dokularına uygulanmıştır: ör. hücrelerden nöro-endokrin granüllerin ekzositozu ve insan tiroid onkositik tümörlerinde değişen boşluk ve sıkı bağlantılar.
Işık mikroskobu çalışma prensibi
Işık mikroskobu kısımları
Mikroskop Çeşitleri
Işık mikroskobu kullanım alanları
Işık mikroskobu Çeşitleri
Mikroskop çeşitleri ve kullanım alanları
Faz kontrast mikroskobu
Işık mikroskobu KULLANIMI
Özet
Bu bölüm, patoloji alanında rutin tanıda elektron mikroskobunun çağdaş değeri hakkında bir fikir verme amacına sahipti. Bu pratik ultrastrüktürel tekniklerin bilimsel teorilerinin bir kısmı, elektron mikrografik görüntülerin yorumlanmasını kolaylaştırmak için de verilmiştir.
Özellikle immünohistokimya ve moleküler biyolojide yeni tekniklerin sürekli gelişmesine rağmen, elektron mikroskobu klinik veya hafif mikroskobik araştırma düzeylerinde sorunlu olduğu tespit edilen lezyonların teşhisinde değerli olmaya devam da etmektedir.
Elektron mikroskobu uygulayanların, klinik ve immünohistokimyasal bulguların çeliştiği veya katkısız olduğu durumlarda kesin olmayan bir tanı koyma ölçüsünde lezyonların karşılaşılmaya devam ettiği doğrudan bir deneyim meselesidir: bu, bazılarında olabilir. koşullar, elektron mikroskobu ile rafine edilebilir (ve bu, tekniğin kendi ana örnekleme sınırlamasına rağmen).
Tümör teşhisi alanında, bu zorluklardan bazıları, tümör patoloğunun şu anda büyük ölçüde dayandığı immünohistokimya sınırlamalarından kaynaklanmaktadır: bu, elektron mikroskobunun aksine, henüz teknolojik stabilite aşamasına evrimleşmemiş bir tekniktir.
Neoplastik olmayan durumların daha geniş alanında, böbrek ve nöromüsküler hastalıklar, bulaşıcı organizmalar, siliyer hastalıklar, dermatopatoloji, belki de en önemlilerinden bahsetmek gerekirse elektron mikroskobu, immünohistokimyaya daha az bağımlı olma konusunda daha güçlü bir etki uygular: burada, elektron mikroskobu, Belirli bir hücre veya doku içindeki farklı hastalıklarla ilişkili olabilecek yapısal değişiklikler.
Şimdiye kadar uygulamaların çoğu morfoloji için transmisyon elektron mikroskobu içindedir. Bununla birlikte, insan dokularının ve lezyonlarının yapısal hücre biyolojisine ilişkin anlayışımızı geliştirmeye katkıda bulunan birkaç başka özel teknik mevcuttur, ancak bunlar çok daha az gerçek tanısal uygulama da içerir.
Son olarak, elektron mikroskobu, insan lezyonlarının kapsamlı tanısal analizine önemli bir katkı tekniğidir. Bu bağlamda, gen ekspresyonunun analizi hastalığı anlamak için temel olurken, H&E veya ultra ince bölümünde gördüğümüz lezyonların sonuç vermediğini kabul edersek, bu anlayışın daha eksiksiz olacağı da vurgulanmalıdır.
Sadece gen ekspresyonundan ve aynı zamanda post-genomik aktivitelerden: bu aktiviteler en etkili şekilde, fonksiyonel proteinlerin immünohistokimyasal olarak gösterilmesi ve bunların elektron mikroskobu ile fonksiyonel hücre yapılarına dönüştürülmesi gibi fenotipik tekniklerle de gösterilebilir.
Işık Mikroskobu
Hans ve Zacharias Janssen’in 1590’da ilk “bileşik” mikroskobu yaratmasından bu yana ışık mikroskobu uzun bir yol kat etti. Basit bir büyüteçten farklı olarak, her iki ucunda ayrı bir lens bulunan bir tüpten oluşuyordu. Klinik bilimciler daha sonra özellikle son 100 yılda mikroskop tasarımı, yapımı ve tekniğindeki radyal gelişmelerden yararlandılar.
Bileşik ışık mikroskobu, en yaygın olarak parlak alan aydınlatması kullanılarak gözlemlenen numunelerle, her modern klinik laboratuvarın standart iş gücüdür. Bununla birlikte, floresan etiketli monoklonal antikorlar gibi teşhis araçlarının hızla artan kullanılabilirliği, klinik bilim insanının son yıllarda daha geniş bir mikroskop tekniklerinde rutin olarak yetkin hale gelmesini gerektirmiştir.
Bu bölüm mikroskop tasarımının temel kavramlarını tanıtacak, klinik laboratuvarda halihazırda karşılaşılan en yaygın prosedürlerin arkasındaki mantığı kısaca açıklayacak ve çeşitli uygulama alanlarını tartışacaktır. Okuyucu, her tekniğin daha kapsamlı açıklaması ve daha kapsamlı açıklaması için ek referanslara başvurmak isteyebilir.