Dizi Analizi – Laboratuvar Tanı Bilimi – Laboratuvar Ödevleri – Lab Ödevleri – Kimya Mühendisliği – Kimya Ödev Yaptırma Ücretleri
Dizi Analizi
Bir virüsün nükleik asit dizisinin belirlenmesi, klinik virolojide önemli pratik uygulamalara sahiptir. Virüsün hücre kültürü izolasyonunun kullanımı, daha hızlı virüs tanımlama yöntemleri (viral antijenlerin doğrudan tespiti veya viral nükleik asitlerin tespiti gibi) lehine azaldığından, dolaşımdaki virüsle ilgili epidemiyolojik bilgi miktarında bir azalma olmuştur.
Bu sorunu çözmek için, epidemiyolojik izlemenin genomik yöntemleri tanıtılmaktadır. Bireysel hasta yönetiminde epidemiyolojik bilgiler önemlidir; enfeksiyonun yayılmasını önlemek veya kontrol altına almak için önlemler tasarlarken; temas takibinde; ve enfeksiyonu önlemek veya tedavi etmek için aşıların ve antivirallerin tasarımında kullanılır.
Belirli alyuvar tiplerini hemaglutine etme yeteneği veya yokluğu gibi biyolojik özelliklere veya ayrı antiserumların viral enfeksiyonlara bağlanma ve bunları nötralize etme yeteneğine dayanan serolojik tiplendirmeye dayanan epidemiyolojik tiplendirme şemalarının aksine. bulaşıcılık, genomik analiz genellikle daha kesin biyolojik sınıflandırma sağlar.
Bilinmeyen bir virüsün tanımlanması sürecinde, viral genomun herhangi bir bölgesinden elde edilen dizi verileri, güçlü dizi hizalama programları (çoğu kamuya açık alanda mevcuttur) kullanılarak bilinen tüm viral dizilerle karşılaştırılabilir. Örneğin İnternet üzerinden erişilebilir), Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı veya Kuzey Amerika Los Alamos veri tabanında tutulanlar gibi uluslararası açık erişimli nükleik asit veritabanlarında arama yapmak vb.
Bilinen virüslerle, sekans karşılaştırmaları için ayrı veri tabanları mevcuttur. Kuşkusuz, tüm insan virüsleri henüz dizilenmemiştir, ancak tam viral dizilerin sayısı yıldan yıla artmaktadır ve daha birçok virüs için kısmi dizi bilgisi mevcuttur, bu, dizi bilgilerinin tanımlanması ve sınıflandırılması için fiili yöntem haline geldiği anlamına gelir.
Sekans bilgisi ayrıca belirli hastalıkların yönetiminde de önemli bir role sahiptir, örn. hepatit C virüsünün genotipinin tedaviye yanıtta önemli bir belirleyici olduğu bilinmektedir.
Dna dizi analizi ne demek
dna dizi analizi 1-5 reaksiyon nedir
dna dizi analizi 1-10 çift nedir
DNA dizi analizi fiyatları
Dna dizi analizi 1 10 çift pozitif ne demek
Dna dizi analizi testi
Tv dizi analizi nasıl yapılır
dna dizi analizi 1-10 çift pozitif
Hepatit C virüsü ile kronik olarak enfekte olduğu belirlenen hastalara (plazmada hepatit C viral RNA’sının kalıcılığı) antiviral ilaç ribavirin ve bir polietilen glikol yan zinciri (pegile interferon) ile formüle edilmiş interferon kombinasyonu önerilebilir; bununla birlikte, bir bireyin tedaviye verdiği yanıtın, virüsün genotipi ile güçlü bir şekilde ilişkili olduğu bulunmuştur.
Sonuç olarak, tedaviye giren hastaların virüslerinin genotipi belirlenir. Genotip 1 veya 4 virüsüne sahip olduğu belirlenenler, enfeksiyonun iyileşmesini sağlamak için uzun süreli antiviral tedavi gerektirir.
HIV ile enfekte hastaların yönetiminde sıralama teknolojisinin çok önemli bir kullanımı bulunur. Avrupa’da yeni HIV enfeksiyonu vakalarının en az %20’si, halihazırda antiviral ilaç tedavisi görmüş ve HIV’in kombinasyon tedavisinde kullanılan antiviral ilaçların en azından bazılarına karşı virüs direncine sahip bir kişiden virüs bulaşmasını içerir.
İlaç direnci modelinin belirlenmesi, etkili tedavi için çok önemli olabilir. Prosedür ayrıca, antiviral tedavisi başarısız olanlarda antiviral bileşiklerin uygun bir kombinasyonunun seçilmesinde hayati bir role sahiptir.
Antiretroviral direnç için iki ana test vardır; genotipik direnci tespit edenler ve fenotipik direnci tespit edenler. Genotipik testler, ilaca direnç gelişimi ile ilişkili olduğu bilinen HIV genlerinin baz dizisindeki değişiklikleri araştırır.
Örneğin, ters transkriptaz genindeki spesifik bir mutasyon olan M184V, nükleozid analogu 3TC’ye direnç verir. Fenotipik testler, viral replikasyonu %50 veya %90 oranında (sırasıyla IC50 veya IC90) inhibe etmek için gereken bir ilacın konsantrasyonunu ölçer ve virüs kültürünü veya gösterge ‘rekombinant’ virüslerin oluşturulmasını gerektirir.
HIV için fenotipik direnç testi (1990’ların sonuna kadar) plak azaltma deneylerine veya periferik kan tek tabakalı hücre (PBMC) kültürü deneylerine dayanıyordu.
Bunların belirgin dezavantajları vardı. HIV plak azaltma deneyleri, virüsün HeLa-CD4+ hücreleri ile birlikte yetiştirilmesini gerektirdi ve bu nedenle, hücre kültüründe sinsityayı indükleyebilen az sayıdaki klinik izolat (yani, CXCR4 tropik virüsler) için kullanılabilir.
PBMC tahlilleri daha çok yönlüdür ancak hastanın PBMC’lerinin HIV seronegatif bireylerden alınan mitojenle uyarılan PBMC’lerle 10-14 gün birlikte kültivasyonunu ve HIV p24 antijeni gibi bir vekil enfeksiyon belirteci yoluyla büyümenin izlenmesini gerektirir.
Bu tür testlere yönelik moleküler temelli bir yaklaşım artık daha yaygın olarak kullanılmaktadır. Tekniğin ticari olarak mevcut iki varyantında, proteazı, RT’nin çoğunluğunu ve HIV-1’in gag genlerinin bir kısmını büyütmek için bir ters transkripsiyon PCR kullanılır. Bu yöntemlerden birinde cDNA, hücre kültüründe homolog rekombinasyon yoluyla bir rekombinant HIV-1 izolatı oluşturmak için pol-deletlenmiş bir rekombinant virüse dahil edilir.
Bu rekombinant, standart bir hücre hattını enfekte etme yeteneğine sahiptir ve rekombinant virüs tarafından indüklenen hücre ölümünün gözlemlenmesi yoluyla değişen konsantrasyonlarda antiretroviral ilaçların varlığında viral replikasyonu ölçmek için de kullanılabilir.
Doğrudan diğer yöntemde, ligasyon, üretilen cDNA’yı poldele edilmiş HIV-1 vektörü ile birleştirmek için kullanılır ve bir lusiferaz raportör gen tahlili kullanılarak tek bir replikasyon turu sırasında rekombinant yapıyı da test eder.
Her iki tahlil de, HIV-1 replikasyonunu %50 oranında inhibe etmek için gereken ilacın mikromolar konsantrasyonu açısından ilaç duyarlılığını bildirir. Fenotipik testler, direnci ölçmek için daha doğrudan bir yöntem sağlasa da, şu anda testi gerçekleştirmek için geçen süre (birkaç haftaya kadar) klinik faydasını da azaltır.
Fenotipik değişiklikler, genotipteki değişikliklerden kaynaklanır ve bu nedenle genotipik testler, fenotipik testlerden önce ilaç direnci hakkında ipuçları sağlayabilir. Plazmadan ekstrakte edilen virüs ters kopyalanır ve viral proteaz bölgelerinin, ters transkriptazın ve/veya genomun diğer bölgelerinin amplifikasyonuna izin vermek için tasarlanmış bir dizi PCR gerçekleştirilir (örneğin, tedavi görenlerde HIV-1 gp41 zarf protein geni HIV füzyon inhibitörü ilaçlarla tedavi edilir).
Dna dizi analizi 1 10 çift pozitif ne demek dna dizi analizi 1-10 çift nedir dna dizi analizi 1-10 çift pozitif dna dizi analizi 1-5 reaksiyon nedir DNA dizi analizi fiyatları Dna dizi analizi ne demek Dna dizi analizi testi Tv dizi analizi nasıl yapılır