Genomik Hibridizasyon – Laboratuvar Tanı Bilimi – Laboratuvar Ödevleri – Lab Ödevleri – Kimya Mühendisliği – Kimya Ödev Yaptırma Ücretleri
CGH’nin Arka Planı ve CGH Dizisi
Güçlü bir teşhis ve araştırma aracı olmakla birlikte, CGH’nin bir sınırlaması vardır, çünkü görselleştirme için metafaz kromozomlarının yoğunlaştırılmış durumlarını kullanır, bu da örtüşen sinyalleri birbirine yakın genlerden ayırt etmeyi zorlaştırır, böylece bir ilgi dizisinin kesin lokalizasyonu belirlenir.
Kopya numarası kaybını algılama çözünürlüğü 10 MB’den büyük veya buna eşittir ve kopya numarası kazanımları için 2 MB’den az değildir. CGH’nin sunduğu bir diğer zorluk, sitogenetik konusunda eğitim almış, kopya numarası değişikliklerinin lokuslarını belirleme ve belirleme becerisine sahip deneyimli teknik personele duyulan ihtiyaçtır.
1995 yılında Schena ve ark. karşılık gelen bitki genlerinin ekspresyonunu nicel olarak ölçmek için bitkilerden alınan gene spesifik hibridizasyon hedeflerinin cDNA klonlarının kullanıldığı mikrodiziyi geliştirdi. Bu yeni bilimsel aracın başarısı, insan genom analizi için mikrodizilerin kullanılmasına yol açtı ve böylece tüm insan genomunun bir temsilini tek bir slayta yerleştirmemize izin verdi.
Mikrodiziler veya “çipler”, yaygın olarak bilindikleri gibi, cam, krom, silikon vb. gibi katı bir yüzey üzerinde bir ızgara şeklinde hareketsiz hale getirilen bireysel nükleik asit numunelerinin düzenli düzenlemeleridir.
Mikroarray analizi artık DNA dizi varyasyonu, gen ekspresyonu, protein seviyeleri, dokular ve hücrelerin kapsamlı bir paralel formatta analizine izin veren de temel bir teknolojidir.
Mikrodizilerin geliştirilmesinden bu yana, geleneksel CGH’nin tanınan sınırlamaları, onu mikrodizi teknolojisine bağlayarak aşılmıştır. Metafaz kromozomlarını kullanmak yerine, slaytlara bağlı genomik DNA dizilerine CGH uygulanır. Bu sistem, dengesiz bölgelerin saptanması için çözünürlüğü önemli ölçüde artırır ve deneyimli sitogenetikçilere olan ihtiyacı da ortadan kaldırır.
Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon
Array CGH Nedir
Array CGH Testi fiyatı
Array CGH yöntemi nedir
Mikroarray
Microarray
Ngs Nedir
Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyona Genel Bakış
CGH, yeşil bir florokrom ile etiketlenmiş, kırmızı bir florokrom ile etiketlenmiş normal (diploid) DNA ile karıştırılmış (1:1) hastalığa veya tümöre özgü DNA’nın kullanılmasını içerir. Bu karışım, bir cam slayt üzerinde normal metafaz insan preparatlarına da hibritlenir.
Etiketli DNA fragmanları, kromozomların metafaz yayılımı üzerindeki orijin lokuslarına hibridizasyon için rekabet eder ve tümör DNA’sının hibridizasyonu yeşil flüoresans ile temsil edilirken, normal DNA’nın hibridizasyonu kırmızı flüoresan ile tde emsil edilir.
Herhangi bir lokusta bağlanan tümör ve referans DNA’nın nispi miktarları, iki DNA örneğindeki bu dizilerin nispi bolluğuna bağlıdır. Ortaya çıkan yeşil:kırmızı floresan oranı, genetik materyalin kaybı veya kazancının en nicel temsilidir.
Kısacası, gen kopya sayısı kazanımı (amplifikasyon), yüksek bir yeşil:kırmızı oranı üretir ve belirli bir lokusta kopya sayısı kaybı (silme), azaltılmış bir yeşil:kırmızı oranı ile de sonuçlanır.
Normal metafaz slaytları, normal bir karyotipe sahip bir insandan alınan fito-hemagglutinin ile uyarılan periferik kan lenfosit kültürlerinden hazırlanır. Hücreler mitozda durdurulur, hipotonik KCL ile muamele edilir, metanol veya asetik asit içinde sabitlenir ve örtüşen kromozomların sayısını en aza indirmeye özel dikkat gösterilerek slaytlar üzerine de monte edilir.
Yüksek kaliteli preparasyonlar için çok az sitoplazma olmalı, böylece arka plan seviyeleri minimumda tutulmalıdır; faz kontrast mikroskobunda bakıldığında kromozomlar koyu olmalıdır; ve ayrıca yeterli uzunlukta olmalıdırlar. Tabii ki, bu zaman alıcı çalışmaya bir alternatif olarak, tamamen hazırlanmış metafaz slaytları ticari olarak da mevcuttur.
Avantajlar
CGH, DNA dizisi kopya sayısı artışlarını ve azalmalarını genomun herhangi bir yerinde saptamayı ve haritalamayı mümkün kılar, kazanç ve kayıpların genel sıklığı, bu değişikliklerin kromozomal alt bölgelerdeki kümelenmesi ve bölgelerin boyutu ve sayısı hakkında bilgi sağlar herhangi bir tümör örneğinde de etkilenir.
Tek bir deneyde tüm genomu araştırma yeteneği, aynı anda yalnızca bir lokus hedefleyen alelik kayıp çalışmalarına göre belirgin de bir avantajdır.
CGH, analiz edilecek hücrelerden metafaz yayılmalarının hazırlanmasını gerektirmez; bu, katı tümörlerin bantlama analizinde çok zor olabilir, bu nedenle CGH, özellikle gelişmiş DNA ekstraksiyon tekniği ve evrensel PCR amplifikasyonu nedeniyle katı tümör analizinde kullanım için idealdir. formalinle sabitlenmiş, parafine gömülü dokular dahil hemen hemen her tür klinik örnekten daha yüksek DNA verimi elde edilmesine de izin verir.
Spesifik bir prob veya önceden genomik değişiklikler bilgisi gerekmediğinden, CGH çok önemli genlerin konumlarına yol açan önceden bilinmeyen sapmaların tanımlanması ve haritalanması için de oldukça çok uygundur.
Sınırlamalar
CGH kritik bir araç olduğunu kanıtlamıştır; ancak, bir takım sınırlamaları vardır. İlk olarak, yalnızca kopya kazancını ve kaybını algılayabilir. Kopya kazancı veya kaybı içermeyen herhangi bir yapısal kromozomal değişikliği tespit edemez, örn. dengeli translokasyonlar veya inversiyonlar. Bu nedenle, başlıca genetik kararsızlığın kromozomal dengesizlik olduğu epitelyal tümörlerin analizinde en uygundur, ancak hematolojik veya mezenkimal tümör analizinde o kadar yararlı da değildir.
İkincisi, kromozom içindeki hedef DNA süper sargılı olduğundan, tespit edilebilecek DNA sapmasının minimum boyutu bir sorun teşkil eder, yani kayıp için çözünürlük 10 Mb’dir ve bu tespit edilebilirlik seviyesi bir fonksiyon olduğu için hem sapma boyutu hem de fazla kopya sayısı açısından kazanç çözünürlüğü de 2 Mb’dir.
Bu sınırlama, ilgilenilen dizilerin kesin lokalizasyonunu engeller. Ayrıca, katı tümör analizinde, tümör hücrelerinin normal hücrelerle kontaminasyonu nedeniyle küçük kopya sayısı değişikliklerini tespit etmenin zor olduğu da belirtilmelidir. Kirlenmeyi azaltmak ve böylece algılama hassasiyetini artırmak için saf hücre popülasyonlarının mikrodisseksiyonla izole edilmesi de önerilir.
Ayrıca, 1p32, 16p ve 19p kromozom bölgelerindeki yüksek sayıda tekrarlayan diziler nedeniyle, bu bölgelerin analizi güvenilir olmayabilir. Son olarak, homojen olmayan veya granüler boyama modelleri, yüksek miktarda proteinle kontamine olmuş numune DNA preparatlarından veya çok kısa veya çok uzun etiketli parçalardan da kaynaklanabilir.
Array CGH Nedir Array CGH Testi fiyatı Array CGH yöntemi nedir Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon Microarray Mikroarray Ngs Nedir