Patolojide TaqMan – Laboratuvar Tanı Bilimi – Laboratuvar Ödevleri – Lab Ödevleri – Kimya Mühendisliği – Kimya Ödev Yaptırma Ücretleri
Ribozomal RNA (rRNA), toplam hücresel RNA’nın % 85-90’ını oluşturur ve tüm dokularda her yerde eksprese edilir. 18S rRNA temizlik geninin, değişen deneysel koşullar altında insan dokularında nispeten stabil olduğu gösterilmiştir. Bununla birlikte, mRNA saflaştırması sırasında rRNA kaybolduğundan, mRNA için zenginleştirilmiş hedefler nicelenirken rRNA bir referans gen olarak kullanılamaz.
GAPDH (gliseraldehit 3-fosfat dehidrojenaz) mRNA da tüm dokularda her yerde eksprese edilir ve kantitatif PCR deneyleri için endojen bir kontrol olarak yaygın olarak kullanılır. Bununla birlikte, GAPDH ekspresyon seviyelerinin hücre kültürü sırasında in vitro ve bireyler arasında değiştiğine dair bazı kanıtlar vardır ve karşılaştırmalı niceleme için endojen kontrol genlerinin dikkatli bir şekilde doğrulanmasının önemini vurgulamaktadır.
Patolojide TaqMan PCR Uygulamaları
Tıbbi teşhiste TaqMan teknolojisinin potansiyel uygulamaları çok büyüktür. TaqMan tahlili, çeşitli patojenleri saptamak ve ölçmek için ve çeşitli mRNA hedeflerinin transkripsiyonel analizi için başarıyla kullanılmıştır.
Taq-Man RT PCR teknolojisini kullanarak, inflamatuar barsak hastalığının yeni bir varyantı olan çocuklardan alınan taze donmuş ve parafine gömülü bağırsak dokusu biyopsilerinde daha önce kızamık virüsü RNA’sını saptadık ve ölçtük.
Grubumuz ayrıca servikal doku biyopsilerinde ve ThinPrep sıvı bazlı sitolojik preparatlarda İnsan papilloma virüsü (HPV) alt tiplerini tespit etmek ve tiplendirmek için TaqMan teknolojisini başarıyla kullanmıştır. Benzer şekilde, normal ve komplike gebeliklerde maternal dolaşımdaki fetal hücreleri incelemek için bu teknolojiyi kullandık.
Alelik ayrımcılığı ve SNP genotipleme TaqMan tahlilleri
Spesifik DNA ve RNA hedeflerinin saptanması ve nicelenmesinin yanı sıra, MGB problarını kullanan TaqMan PCR teknolojisi ve 50 nükleaz tahlili, SNP (tek nükleotid polimorfizmi) genotipleme ve alelik ayırt etme tahlilleri için kullanılabilir. İki allelli bir sistemde, teknoloji, iki farklı floresan raportör boyası, yani FAM ve VIC ile ikili bir prob yaklaşımı kullanır, bu sayede her alel veya polimorfizm için bir tane özel olmak üzere iki prob tasarlanır.
Alelik ayrım deneyleri, her PCR döngüsünde, ancak özellikle PCR’nin ilk turlarında meydana gelen vahşi ve mutant spesifik problar arasındaki rekabet ile, rekabetçi koşullar altında gerçekleştirilir. FAM ve VIC problarından gelen floresan sinyaller, yalnızca tamamlayıcı hedef dizinin varlığında üretilir.
Bitiş noktası floresansı, ABI Dizi Dedektörlerinde ölçülür. Veriler daha sonra Applied Biosystems tarafından sağlanan ve homozigot ve heterozigot genotipler arasında ayrım yapılmasını sağlayan entegre yazılım paketi kullanılarak analiz edilir.
TaqMan prob yöntemi
Gen ekspresyon analizi
Ct değeri nedir
Real Time PCR Nedir
real-time pcr grafik yorumlama
Pcr Ct değeri nedir
Cq değeri nedir
Real time PCR
Talep üzerine testler
Applied Biosystems yakın zamanda TaqMan PCR kullanıcılarının yakın zamanda yayınlanan genel ve Celera Corporation genom veritabanlarına erişmesine izin veren yeni bir hizmeti tanıttı. DNA ve RNA testleri için talep üzerine testler mevcuttur ve bilinen tüm dizili genler için tasarlanmış TaqMan primer ve prob setlerinden oluşur. 19000’den fazla insan ve 9500’den fazla fare genine özgü tahlil, müşterilerin aralarından seçim yapmaları için mevcuttur; bunlar Applied Biosystems web sitesinden edinilebilir.
TaqMan mikroakışkan kartları
TaqMan kimyasındaki son gelişmeler, yüksek verimli gen ekspresyon analizi için platformun 384 kuyulu versiyonunun piyasaya sürülmesini içerir. 384 kuyulu mikroakışkan kartı, valide Assays on DemandTM gen ekspresyon ürünleri ve 7900 HT dizi detektör sistemi kullanılarak özel dizi konfigürasyonu için tasarlanmıştır. Bu kartlar, kartın konfigürasyonuna bağlı olarak, tek bir PCR çalışmasında sekiz adede kadar cDNA örneğinde 12–384 gen hedefinin gen ekspresyonunu değerlendirebilir.
Bu teknolojinin başka bir uygulaması, karşılaştırmalı Ct nispi niceleme yöntemini kullanarak insan sitokin gen ekspresyonunun profilini çıkarmak için TaqMan insan sitokin mikroakışkan kartıdır. TaqMan insan sitokin kartı (Applied Biosystems, Foster City, CA, ABD), her sitokin testi için bir set olmak üzere 24 replikata bölünmüş 96 kuyulu bir sarf malzemesinden oluşur. Kart, iki aşamalı bir RT-PCR deneyinde insan toplam RNA’sından üretilen tek bir cDNA örneğini değerlendirir.
Bu tahlil, aşağıdaki 24 sitokini ölçer: TNF-, TNF-, IFN-, TGF-, LT-, IL-1, IL-1, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8 IL-10, IL-12p35, IL-12p40, IL-13, IL-15, IL-17, IL-18, G-CSF, GM-CSF ve M-CSF. Her oyuk, bir insan sitokin mRNA’sı için liyofilize FAM etiketli TaqMan MGB probları ve primerleri içerir. 18S ribozomal RNA endojen kontrolü için bir VIC etiketli TaqMan MGB primeri ve prob seti, multipleks deneyler için kullanıldı.
Sitokin kartındaki nispi RNA niceleme deneyleri, iki aşamalı bir ters transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonunda (RT-PCR) gerçekleştirilir. İlk adımda, cDNA, rastgele heksamerler ve MultiScribeTM ters transkriptaz kullanılarak toplam RNA’dan ters kopyalanır.
İkinci adım, TaqMan Universal Mastermix ve AmpliTaq Gold DNA polimeraz kullanılarak cDNA ürününün amplifikasyonunu içerir. Kartın 96 kuyunun tamamı, bir kanal sistemi aracılığıyla tek bir port üzerinden cDNA ve TaqMan Universal mastermix karışımı ile eş zamanlı olarak doldurulur.
Her kuyunun reaksiyon hacmi 1″ l ve kartı doldurmak için gereken toplam hacim 250″ l’dir. Bireysel bir numunedeki spesifik sitokinlerin nispi miktarı daha sonra uygun bir kalibratör numunesi ile karşılaştırılır ve nispi niceleme için karşılaştırmalı Ct yöntemi kullanılarak hesaplanır.
Hücre İçi PCR
Son yıllarda bir dizi çalışma, in situ hibridizasyon ile PCR’yi birleştiren ‘hibrit’ teknikleri tanımlamıştır. İstenen nükleik asit dizisinin amplifikasyonu sırasında karşılaşılan teknolojik problemler nedeniyle teknikler başlangıçta kabul edilmedi.
In situ amplifikasyon teknolojileri, PRINS (prime in situ etiketleme), döngülü PRINS, in situ PNA PCR (peptid nükleik asit PCR), in situ PNA’yı içerecek şekilde, başlangıçta açıklanan in situ PCR tekniğinin bir dizi modifikasyonunu içerecek şekilde genişletildi. PCR, in situ immüno-PCR, in situ-TaqMan PCR ve alel spesifik amplifikasyon.
Nükleik asit baz amplifikasyonu (NASBA) gibi diğer hücre içi amplifikasyon teknolojileri de kullanılabilir. Bunlar, T3 ve T7 RNA teknolojisini kullanır ve hücrelerde ve doku bölümlerinde RNA’nın amplifikasyonu için izotermal replikasyon metodolojileridir.
Cq değeri nedir Ct değeri nedir Gen ekspresyon analizi Pcr Ct değeri nedir Real Real time PCR real-time pcr grafik yorumlama TaqMan prob yöntemi Time PCR Nedir