Jel elektroforezi

Dört renkli boyaların kullanılması, ürünlerin tek bir jel şeridinde çalıştırılabileceği anlamına gelir. Her boyanın ayrı ddNTPS'ye bağlanması, reaksiyonların tek bir tüpte gerçekleştirilebileceği anlamına da gelir. Plaka jeli veya dikey kapiler elektroforezi takiben floresan etiketli ürünleri tespit eden çok çeşitli otomatik sıralayıcılar da mevcuttur. Ayrıca, tüm bu makineler, veriler otomatik olarak sıra bilgisine dönüştürüldüğünden, ham verilerin manuel analizi ihtiyacını ortadan kaldırarak verileri doğrudan bir bilgisayara aktarır. Çoğu teknikte olduğu gibi, sıralama sorunsuz değildir. Belirsiz alel kombinasyonları en büyük problemdir. Bu, tüm lokuslarda olur ve iki alel, farklı bir alel çiftinin dizisiyle aynı olan bir heterozigot dizi ürettiğinde ortaya çıkar. PCR ve sıralama primer tasarımında da sorunlar olabilir. Dizilemenin, daha önce tanımlanamayan alelleri tespit edeceği kadar, diğer DNA tiplemelerine göre bir avantaja sahip olduğu düşünülüyordu. Bu, yeni alel, PCR'nin veya dizileme primerlerinin 30 ucuna karşılık gelen konumlarda polimorfizmler içermediği sürece doğrudur. Ek olarak, diziye dayalı tipleme, incelenen genin tamamını dizilemelidir, çünkü dizi ne kadar kısa olursa, yeni polimorfizmlerin gözden kaçma olasılığı o kadar artar. PCR ve sekanslama için çoklu primerlerin kullanılması, belirli bir alelin tercihli amplifikasyonu veya sekanslanması ile sonuçlanabilir. Bu, homozigotluğun yanlış atanmasına yol açar. Sekansa dayalı tiplendirme teknikleri hala emek yoğundur ve pahalı ekipman ve reaktifler gerektirir. Tek başına bu, muhtemelen HLA laboratuvarları için bir ön hat tekniği olarak benimsenmesinin önündeki en büyük engeldir. Ayrıca, diziye dayalı tipleme çok yüksek çözünürlüklü tipleme sağlamasına rağmen, bu tür yüksek çözünürlüklü HLA eşleşmesinin katı organ transplantasyonunda önemli olduğunu gösteren bir kanıt henüz yoktur. Ancak kemik iliği transplantasyonu için tablo farklıdır ve eşleşmenin sonucu etkilediğine dair net kanıtlar vardır. Diseksiyon nedir Mikrodiseksiyon nedir Özet MHC'nin hücre yüzeyi glikoproteinleri, transplant immünolojisinde merkezi bir rol oynar. MHC başlangıçta, T lenfositlerin aşılanmış doku üzerinde bulunan kendinden olmayan MHC antijenlerine karşı güçlü reddetme tepkisi nedeniyle transplantasyonun önündeki ana engel olarak belirlendi. İnsan MHC'sinin HLA proteinleri, bilinen en polimorfikler arasındadır, bu nedenle, aynı HLA alellerini ifade eden ilgisiz iki bireyin olasılığı çok küçüktür. T hücresi antijen tanıma MHC polimorfizminden derinden etkilendiğinden, transplant donörlerinin ve potansiyel alıcıların HLA proteinleri tanımlanmalı ve greft kaybı riskini reddetme riskini en aza indirmek için mümkün olan en yakın eşleşme aranmalıdır. 'Doku tipleme' olarak adlandırılan HLA tanımlama tekniği, gerçekten de klinik tıpta kadavra transplantasyon programlarında donörü alıcıya eşleştirmek için kullanılır, ancak MHC'nin alerjik ve otoimmün koşullara duyarlılığı belirlemedeki rolünü incelemek için de kullanılabilir. . İnsanlarda MHC genotiplemesi başlangıçta karışık lenfosit reaksiyonu ve ardından seroloji ile gerçekleştirilmiştir. Doğal metodolojik kısıtlamalar nedeniyle, bu yöntemlerin yerini genetik ekspresyon düzeyinde analiz eden teknikler almıştır. MHC sınıf II bölgesinin -DR ve -DQ genleri, DNA-RFLP ile HLA-tipi olan ilk genlerdir. Bu tekniğin yerini büyük ölçüde daha hızlı ve daha hızlı PCR tabanlı yöntemler almıştır. MHC'nin moleküler klonlanması ve haritalanması, hem sınıf I hem de sınıf II bölgelerinin antijenlerini tipleyen yeni bir PCR tabanlı tekniğin yakın zamanda geliştirilmesine yol açmıştır. Bu tekniği kullanarak, HLA genotiplemesi, tek bir Polaroid fotoğrafından elde edilebilen sonuçlarla, çoklu PCR ve tek bir jel kullanılarak tek bir numune üzerinde gerçekleştirilebilir. Bu sistem histo-uyumluluk testi laboratuvarlarının çoğunda önceki tüm serolojik/moleküler tabanlı HLA tipleme prosedürlerinin yerini almıştır veya değiştirmektedir. Sekansa dayalı DNA teknikleri, kemik iliği transplantasyonu ortamında yaygın olarak kullanılan yüksek çözünürlüklü bir tipleme yöntemi sağlar. MOLEKÜLER PATOLOJİ Lazer Yakalama Mikrodiseksiyon Moleküler teknolojilerdeki son gelişmeler genomik, transkriptomik ve proteomik çalışmalarında devrim yarattı. Bununla birlikte, bu teknolojilerin uygulanmasındaki ciddi bir potansiyel dezavantaj, cerrahi olarak rezeke edilen dokuların doğal heterojenliğidir. Girdi materyalinde gereksinim fazlası olan hücre popülasyonları bulunmadıkça, sonraki analizin bozulmasına neden olarak hatalı sonuçlar üretilebilir. Doku kesitlerinin ve sitolojik preparatların lazer mikrodisseksiyonu, saf hücre popülasyonlarının elde edilmesini kolaylaştırmak ve doku karmaşıklığı engelinin üstesinden gelmek için değerli bir yukarı akış kaynağıdır. Geçerli ve anlamlı sonuçlar üretmek için çeşitli alt moleküler teknolojilerle birleştirilebilir. Lazer yakalama mikrodisseksiyon (LCM), orijinal olarak Ulusal Kanser Enstitüsünde geliştirilen bir tekniktir. Başlangıcından bu yana bir dizi modifikasyon yapıldı ve şu anda lazer tipine [kızılötesi (IR) veya ultraviyole (UV) bağlı olarak esas olarak iki kategoriye ayrılan bir dizi alet mevcut. ] istihdam edildi. LCM, dondurulmuştan sabit parafine gömülü kesitlere veya sitolojik preparasyonlara kadar çeşitli doku preparasyonlarına uygulanabilir. Hematoksilen ve eozin veya toluidin mavisi kullanılarak yapılan rutin boyama, genellikle ilgilenilen hücre tipinin morfolojik tanımlanmasına yardımcı olmak ve bir doku kesiti etrafında gezinmeyi kolaylaştırmak için kullanılır. Bununla birlikte, fenotipik ve fonksiyonel özelliklere göre hücre seçimine izin vermek için histokimyasal boyama, immünohistokimya veya immünofloresan da kullanılabilir. Başlangıç ​​materyaline ve seçilen aşağı akış protokollerinin gereksinimlerine bağlı olarak, DNA, mRNA veya protein çıkarılabilir ve başarılı bir şekilde analiz edilebilir. Bu şekilde, hastalığın hücreye özgü biyobelirteçlerinin veya potansiyel terapötik hedeflerin tanımlanması doğru bir şekilde gerçekleştirilebilir. Bu teknolojinin özellikle yararlı olduğu alanlardan biri kanser araştırmalarıdır. Kanser araştırmacıları için büyük bir engel, premalign hücrelerin malign bir tümör oluşturmak üzere ilerlediği kanserin ilerlemesi sırasında ortaya çıkan moleküler değişiklikleri karakterize etmenin zorluğunda yatmaktadır. Erken kanser tespitine yardımcı olabilecek tümör ilerlemesi sırasında yukarı veya aşağı regüle edilen proteinlerin tanımlanması, bu proteinlerin bulunduğu küçük hücre alt popülasyonu tarafından engellenir. Lazer yakalama mikrodiseksiyon (LCM), araştırmacıların lekeli doku bölümlerinden farklı alt popülasyonları izole ederek normal ile hastalıklı hücreleri karşılaştırmasına olanak tanır.