TaqMan tahlili, sırasıyla Thermus aquaticus ve Thermus thermophilus'tan izole edilen Taq veya Tth polimerazı kullanır, ancak 50 nükleaz aktivitesine sahip herhangi bir enzim kullanılabilir. Amplifikasyon sırasında, uzatılamayan prob, Taq veya Tth DNA polimerazın 50 eksonükleaz aktivitesi ile bölünür, böylece haberciyi oligonükleotid söndürücüden serbest bırakır ve haberci emisyon floresan yoğunluğunda bir artış üretir.
Bu, 7700 Sekans Dedektör Sistemi kullanılarak PCR amplifikasyonunun üstel aşaması sırasında gerçek zamanlı olarak izlenir. Bölünme, probu hedef iplikten çıkararak primer uzantısının şablon ipliğin sonuna kadar devam etmesine izin verir.
Sürece genel bir bakış Şekil 51.2'de gösterilmektedir. Ek raportör boya molekülleri, her döngüde ilgili problarından ayrılarak, üretilen amplikon miktarıyla orantılı olarak floresan yoğunluğunda bir artışa yol açar.
Taq polimerazın eksonükleaz aktivitesi, aktivite çift sarmal spesifik olduğundan, yalnızca florojenik prob hedefe tavlanırsa etki eder, bu nedenle enzim, solüsyonda serbest olduğunda ve raportör floresan tespit edilmediğinde probu hidrolize edemez. .
Polimeraz, yalnızca tamamlayıcı ipliğine hibridize kalırken probu böldüğünden, prob bağlanmasını sağlamak için PCR uzantısının sıcaklık koşulları ayarlanmalıdır. TaqMan sistemi, amplifikasyon sırasında probun hibridize kalmasını sağlamak için 60-62 C'de birleşik bir tavlama ve polimerizasyon adımı kullanır.
Çoğu probun erime sıcaklığı (TM) yaklaşık 10 C veya PCR primerlerinden en az 5 C daha yüksektir, çünkü TaqMan probunun primerlerden önce bağlanması çok önemlidir. sürecin başarısı.
Onsuz, PCR ürünleri floresan oluşturmadan ve dolayısıyla algılama olmadan oluşturulacaktır. Bu, primer uzatma adımı sırasında probun hedefine bağlı kalmasını sağlar ve ayrıca Taq ve Tth DNA polimerazlarının maksimum 50-30 eksonükleaz aktivitesini sağlar.
NOT: Bir raportör ve bir söndürücü dizisi ile etiketlenmiş bir dahili prob kullanılarak TaqMan PCR'nin şeması. TaqMan primerleri ve prob denatüre DNA'ya tavlama. Polimerizasyon sırasında prob yarılır ve söndürücü boyadan raportör boyayı serbest bırakır, bu da floresan sinyalde birikmiş olan PCR ürününün miktarıyla orantılı bir artışa neden olur.
Prob ucu fiyatları
Renishaw prob fiyatları
Prob ucu nedir
Renishaw prob kalibrasyon
Prob nedir
Prob Fiyatları
CMM prob ucu fiyatları
CNC Sifirlama prob fiyatları
Küçük Oluk Bağlayıcı TaqMan Probları
Daha yakın zamanlarda, TaqMan testinin hassasiyetini artıran minör oluk bağlayıcı (MGB) TaqMan florojenik probları geliştirilmiştir. MGB'ler (doğal olarak oluşan antibiyotikler ve sentetik moleküller), çift sarmallı DNA tarafından oluşturulan sarmalın küçük oluğuna sığabilir ve bir oligonükleotit probuna bağlandığında yanlış eşleşme ayrımını artırarak DNA duplekslerini stabilize edebilir.
TaqMan MGB florojenik probları, onları geleneksel florojenik problardan üstün kılan bir dizi özelliğe sahiptir. Bir MGB, oligonükleotidin 30-ucuna, 50-ucuna veya bir dahili nükleotitine eklenebilir.
MGB probları tamamlayıcılarına daha sıkı bağlanır, bu da probların erime sıcaklığını (Tm) yükseltir ve daha esnek test tasarımına izin verir. Çalışmalar, Tm'si 20 C olan 12 mer'lik bir prob üzerine bir MGB'nin eklenmesinin Tm'yi 65 C'ye çıkardığını göstermiştir.
Bu Tm, MGB'siz 27-mer probun Tm'sine eşdeğerdir. Tm probunun primer Tm'den >10 C daha yüksek olması tavsiye edilir, bu nedenle bir MGB'nin eklenmesi, daha geniş bir primer yelpazesinin kullanılmasına izin vererek test tasarımına önemli ölçüde katkıda bulunur.
Bir MGB'nin kullanılması, daha kısa probların kullanılmasına ve daha iyi uyumsuzluk ayrımı yapılmasına olanak tanır. MGB-oligonükleotitler, eşleşmenin Tm'si ile tek-bazlı uyumsuzluk oligonükleotitleri arasında artan bir fark gösterir, bu nedenle hibridizasyon deneylerinin ayırt edici gücünü arttırır.
MGB problarının diğer bir özelliği, düşük arka plan floresansı ve bunun sonucunda daha büyük bir sinyal:- gürültü oranıdır. Sağlam MGB problarının arka plan floresansı, prob uzunluğu ile biraz artar, ancak yine de MGB'siz problardan birkaç kat daha düşüktür. MGB probları, bir DNA dupleksinde A-T bağlarını G-C bağlarından daha fazla stabilize eder. Bu, hedef dizinin Tm üzerindeki etkisini azaltır.
Ayrıca, uyumsuzluk MGB'nin altına yerleştirildiğinde uyumsuzluk ayrımının iyileştiği de bulunmuştur. Tipik olarak, bir oligonükleotit-MGB konjugatı, MGB, yaklaşık 6-7 bazdan oluşan A-T açısından zengin bir bölge içeren bir oligonükleotidin 30 ucunda yer alacak şekilde tasarlanır.
MGB-bağlanma bölgesi içinde konumlanan uyumsuzlukların daha iyi ayırt edildiği ve MGB altındaki farklı uyumsuzluk çiftleri için uyum ve uyumsuzluklar arasında artan bir serbest enerji farkı gösterdiği gözlemlendi.
TaqMan Primer ve Prob Tasarımı
TaqMan PCR testinin özgüllüğü ve duyarlılığı, primer ve prob dizilerinin seçimi ile belirlenir. Applied Biosystems, optimal TaqMan PCR tahlillerini tasarlamak için kullanılabilen Primer Express olarak bilinen özel bir yazılım programı geliştirmiştir.
TaqMan PCR primerleri için optimal uzunluk, G/C içeriği %30-80 olan 15-20 bazdır, burada 30 uçtaki son beş nükleotit ikiden fazla G ve C kalıntısı içermez. Hem ileri hem de geri primerlerin Tm'si 58-60 C olmalıdır ve 1-2 C'den fazla farklılık göstermemelidir.
Daha kısa PCR amplikonları, daha uzun amplikonlardan daha verimli amplifiye olma eğilimindedir ve bu nedenle testin duyarlılığını arttırır. Genel olarak TaqMan PCR amplikonları için optimal uzunluk 50-150 bp'dir, ancak daha büyük amplikonlar başarıyla amplifiye edilmiştir.
TaqMan probları genellikle PCR primerlerinden en az 10 C daha yüksek bir Tm ile tasarlanır. Bu, probun primerlerden önce hibritleşmesini ve tavlama adımı sırasında hibridize kalmasını sağlar. TaqMan probları, %50 G/C içeriği ile 13-30 baz uzunluğunda olabilir.
TaqMan probları, primerlerden herhangi biri ile örtüşme veya tamamlayıcılık olmadan mümkün olduğunca yakın tasarlanmalıdır. Ek olarak, TaqMan probları 50 uçta bir G içermemelidir, çünkü raportör boyaya bitişik bir G, bölünmeden sonra bile floresanı söndürecektir. Yukarıda tartışıldığı gibi MGB TaqMan problarının kullanımı, gerekli Tm'yi korurken probun uzunluğunu büyük ölçüde azaltır.
İdeal olarak, herhangi bir özel tahlilde PCR'nin üstel ve plato fazının nerede meydana geldiğini değerlendirmek için primer ve prob optimizasyonu yapılmalıdır. Primerler genellikle 50–200 nM aralığında kullanılırken, prob genellikle 100 nM aralığındadır.
RNA gen hedefleri için, TaqMan RT PCR tahlilleri, kontamine edici genomik DNA'nın amplifikasyonundan kaynaklanan yanlış pozitif sonuçları en aza indirmek için ideal olarak intron-ekson sınırı boyunca tasarlanmalıdır. Ayrıca RNA/cDNA'nın Mn2+ varlığında amplifikasyonu, yeniden tavlanmış DNA fragmanlarının amplifikasyonundan kaynaklanabilecek sorunları en aza indirir.
Türevlendirme – Biyokimya ve Moleküler Biyolojide Laboratuvar Teknikleri – Laboratuvar Ödevleri – Lab Ödevleri – Kimya Mühendisliği – Kimya Ödev Yaptırma Ücretleri
Türevlendirme Türevlendirme, kromatografiden önce veya sonra gerçekleştirilebilir. Ön sütun türevlendirme Ön kolon türevlendirmesinin avantajları, sadece örnek tespitinin geliştirilebilmesi değil, aynı zamanda bileşiklerin ekstraksiyonunun, saflaştırılmasının ve kromatografisinin modifiye edilebilmesidir. Ek olarak,…
