Uygulamalı Biyosistemler İfade Dizisi Sistemi
Applied Biosystems Expression Array System, tüm insan genomunu temsil eden, mevcut transkript verilerini kullanan ve tamamen insan küratörlüğünde uzmanlar tarafından doğrulanmış gen açıklamalarına dayanan bir mikrodizi tasarımına dayanmaktadır. Her araştırma, hem Celera Genomics ek açıklamalarını hem de kamuya açık olanları içeren ilişkisel bir veritabanının parçasıdır.
Özel olarak geliştirilmiş kemilüminesan kimyalarla bir araya getirilen bu eksiksiz sistem, önceki nesil mikroarray sistemlerine göre daha fazla prob ve algılama hassasiyeti sunar. Ek olarak, mikrodizide temsil edilen 31097 insan geninin tümü için açıklama bilgileri, 1700 sistemiyle sağlanan bir Oracle1 veritabanına dahil edilmiştir.
Üreticiler sonucun, gen ekspresyonu araştırması için mikrodizi verilerinin hızlı ve doğru analizini yapabilen eksiksiz bir sistem olduğunu öne sürüyorlar. Mikrodizilerden 'takip' deneyleri, mikrodizi veri doğrulamasını, transkript üretiminin mutlak nicelleştirilmesini ve alternatif ekleme olaylarının araştırılmasını sağlayan kantitatif gerçek zamanlı PCR TaqMan1 prob tabanlı tahlillere bağlanarak elde edilebilir.
Applied Biosystems Expression Array System, dizileri kemilüminesansta görüntüleyebilen, çok düşük seviyelerde ve floresanda gen ifadesini araştırıp ölçebilen, özelliklerin yerini tespit edip otomatik ızgara yapabilen bir analiz cihazından (Applied Biosystems 1700 Chemiluminescent Analyzer) oluşur.
Invitrogen
Cellsway
Biosystems
Applied Biosystems TÜRKİYE
Mikro akışkan sistemler
Mikrosens
Mikro akışkan sistemler nedir
Nehir Biyoteknoloji
Son teknoloji ürünü bir CCD kamerayı içerecek şekilde tasarlanan 1700 sistemi, etiketli transkriptler bir mikro diziye hibritlendiğinde ortaya çıkan kemilüminesan sinyali hassas bir şekilde görüntüler. Ayrıca 1700 sistemi, mikrodizi problarına bağlanan gen ekspresyon ürünlerinin yokluğunda bile, mikrodiziyi floresan modunda ızgaraya, normalleştirmeye ve belirlemeye yönelik kesin doğrulukla görüntüler.
Yeni Applied Biosystems Expression Array System, kapsamlı gen ekspresyonu analizi sağlamak için hassas saptama kimyalarıyla birleştirilmiş en son genomik verileri kullanır.
Aşağıdakiler dahil çeşitli ücretsiz kitler mevcuttur:
Hücrelerden mRNA'yı digoksigenin etiketli cDNA'ya dönüştüren Kemilüminesan RT Etiketleme Kiti.
mRNA'yı hücrelerden digoksigenin etiketli cRNA'ya dönüştürürken aynı anda ve lineer olarak giriş RNA'sını yükselten Kemilüminesan RT-IVT Etiketleme Kiti. Elde edilen digoksigenin etiketli cDNA veya cRNA, Applied
Biosystems mikrodizisine özel olarak hibritlenir.
Oligonükleotid problarına bağlı digoksigenin etiketli cDNA veya cRNA'ya sahip özellikleri görselleştirmek için kullanılan Kemilüminesans Tespit Kiti. Görüntüleme, mikrodizinin bir anti-digoksigenin alkalin fosfataz konjugatı ile inkübe edilmesiyle sağlanır. Alkalin fosfataz, kemilüminesan bir substratı hidrolize eder ve 458 nm dalga boyunda ışık yayar. Sinyal yoğunluğu, hücrelerde ifade edilen mRNA seviyesi ile orantılıdır.
Üreticiler, mikrodizi üzerinde elde edilen kemilüminesan sinyallerin, önceki geleneksel floresan mikrodizilere göre daha yüksek hassasiyet ve daha büyük dinamik aralık sağladığını iddia etmekte ve ayrıca Applied Biosystems Expression Array System ile yüksek kaliteli verilerin mümkün olduğu kadar az miktarda elde edilebileceğini öne sürmektedirler. 100 ng toplam RNA başlangıç materyali.
Applied Biosystems İnsan Genom Araştırması Mikrodizileri, bilinen tüm genler için genel ve Celera verileri kullanılarak tasarlanmıştır (31 097). Bu mikrodiziler, özellik çapı 45 mm (kenardan kenara) boşluk olan oligonükleotidler içerir.
Oligonükleotitler, insan genomunun her bir geni için transkriptleri hedefler. Oligonükleotid probları Applied Biosystems'de sentezlenir ve maksimum özgüllüğü sağlamak üzere tasarlanmıştır. Mikrodizi üretiminden önce, tüm problar kalite kontrol için kütle spektrometrisi ile analize tabi tutulur.
Applied Biosystems mikrodizileri, etiketli cDNA veya cRNA örnekleri eklendikten sonra kolayca yeniden kapatılabilen bir yükleme portu içeren önceden monte edilmiş bir kartuşta kapatılır. Hibridizasyon tamamlandığında kartuş sökülür ve atılır. Mikrodiziler daha sonra partiler halinde işlenir ve bağlanmamış malzeme yıkanarak uzaklaştırılır.
Applied Biosystems Expression Array System'in bir parçası olan hedef (gen ifadesi) notasyonu için Oracle Database, günümüzün gen ifadesi çalışmalarında yer alan tüm laboratuvarlar için gerekli olan en son gen açıklama verilerini içerir ve tüm laboratuvarlar için tam depolama ve sorgu erişimi sağlar. deneysel veri.
Veritabanı, örneğin gen kısaltmalarını, gen adlarını, gen tanımlaması için çapraz referansları, genel (GO) ve Celera (PantherTM) gen ontolojilerini ve diğer ilgili bilgileri içerir. Ayrıca üreticiler, mikrodizi tarafından hedeflenen transkriptler hakkında en güncel bilgilerle açıklamaları sürekli olarak güncellemeyi taahhüt eder.
Illumina "Diziler Dizisi"TM
Illumina şirketi tarafından sunulan ifade dizileri, dizileri oluşturmanın temelde farklı bir yolunu oluşturur: boncukların desenli mikro kuyucuklu alt tabakalara rastgele kendi kendine montajı. Yüzeyleri boyunca binlerce kuyu içeren substratlar oluşturmak için hem fiber optik hem de mikro-elektromekanik sistem (MEMS) endüstrilerindeki teknolojik gelişmelerden yararlandılar.
Kantitatif olarak havuzlanmış boncuk kitaplıkları daha sonra yüksek yoğunluklu bir dizi platformu elde etmek için kazınmış mikro kuyu alt tabakalarına kendiliğinden monte edilir. Şu anda iki farklı Array of ArraysTM formatı, SentrixTM Array Matrix ve SentrixTM BeadChip mevcuttur.
Dizi Matrisi, her bir dizinin sonunda 3 mm'lik bir kuyu oluşturmak için kimyasal olarak kazınmış yaklaşık 50.000 ayrı ışık ileten fiber iplik içeren fiber optik demetler kullanır. Dizi demetleri, standart mikrotitre plakalarının kuyu aralığına uyan 96 dizili bir konfigürasyonda birlikte gruplanır.
Bu benzersiz format, kullanıcıların aynı anda 96 dizi üzerinde basit ve hızlı bir şekilde deneyler yapmalarını sağlar. Ayrıca platform, standart robotik ekipman kullanılarak otomasyon rutinlerine kolayca dahil edilebilir ve bu da daha az hata, işçilik ve kaynak gereksinimleri sağlar.
BeadChip formatı, aynı anda sekiz örneğin işlenmesine izin veren slayt boyutunda bir platformdur ve standart bir lazer tarayıcıda taranabilir.
Dizi formatından bağımsız olarak, her dizideki her boncuk yüz binlerce kovalent olarak bağlanmış oligonükleotit probu içerir. Her bir boncuk tipi için ortalama 30 kat fazlalık ile her dizide farklı prob dizileri içeren 1500'e kadar benzersiz boncuk tipi temsil edilir.
Boncuk montajından sonra, her bir kuyuda hangi boncuk tipinin bulunduğunu belirleyerek dizinin kodunu çözmek için hibridizasyon tabanlı bir prosedür kullanılır. Bu son işlem, her bir boncuk tipinin performansını doğrular.
Otomatik Örnekleyici
Örnekleme sistemleri, 4248 konumlu bir karuselden 96 oyuklu bir plakaya kadar herhangi bir şey olabilir. CE sistemleri, çok sayıda şekil ve hacimde çeşitli şişelerin mevcut olduğu otomatik örnekleyicide büyük ölçüde farklılık gösterir. Örnek ve tampon flakon hacimleri 100 mL ila birkaç mL arasında değişebilir.
Her durumda, giriş ve çıkış şişeleri ve solüsyonları herhangi bir sifonlamayı en aza indirmek için aynı yüksekliktedir. Bir flakon diğerinden daha yüksek olduğunda, sifonlama tekrarlanabilirliği ve verimliliği etkiler. Cihaz tasarımlarının çoğu, çok sayıda çalıştırma tamponu flakonu kullanır, böylece cihaz, tipik olarak 5210 gibi bir dizi çalışma gerçekleştirdiğinde “yeni” çözeltiler kontamine çalışma tamponlarıyla değiştirilebilir.
Çalıştırma arabelleğindeki hacim ne kadar büyükse, çalıştırma arabelleklerinin değiştirilmesi gerekmeden önce tamamlanabilen çalıştırma sayısı o kadar fazla olur. Çalıştırma tamponlarının değiştirilmesinin gerekmesinin çok çeşitli nedenleri vardır. Giriş tamponu, giriş şişesine kılcal durulamanın dış kenarlarında bir filmin neden olduğu numune veya çözücü kontaminasyonu yoluyla değiştirilebilir. Çıkış tamponu, girişten kılcalın çıkışına geçen iyonlardan kontaminasyona sahip olabilir.
Her iki tampon da tampon buharlaşmasına ve bakteri büyümesine duyarlıdır. Çözeltinin elektrolizinin çalışan tampon pH’ını değiştirebileceği ve daha sonra EOF’yi değiştirebileceği bilinmektedir. Bu olaylar, tampon tükenmesine neden olma eğilimindedir ve uzun süreli performans kararlılığı sağlayacak uzun örnek dizileri sırasında giriş ve çıkış tampon şişesini hızlı bir şekilde değiştirme yeteneğine sahip bir otomatik örnekleyici seçmek önemlidir. Genel olarak, birden çok hacim çözümünü işleyebilen bir otomatik örnekleyici tercih edilir.
Tipik olarak, giriş ve çıkış tamponları mililitre cinsinden numune hacimlerine sahipken, numune şişeleri mikrolitre ila mililitre hacim aralığındadır. Mikrolitre büyüklüğünde bir numune şişesi, numune boyutu sınırlı olduğunda avantajlı olabilirken, aynı numune birden çok kez enjekte edildiğinde büyük bir numune şişesi tercih edilir.
Tamponlar için birçok pozisyona sahip bir otomatik örnekleyici, kullanıcının çeşitli farklı tamponlar altında çoklu ayırma yapmasına izin verir, bu da bilim adamına yöntem geliştirmede yardımcı olur. Sofistike bir otomatik örnekleyici ile, tampon tipi ve konsantrasyonu, jel tipi ve konsantrasyonu, yüzey aktif madde konsantrasyonu ve pH gibi parametreler için gözetimsiz yöntem operasyonu araştırılabilir.
Anahtar bir gereklilik, otomatik örnekleyicinin sıcaklık stabilize edilmesi gerektiğidir, böylece tamponun viskozitesi zaman içinde tutarlı kalır. Numune veya tampon sıcaklığındaki değişiklikler, migrasyon süresi ile birlikte enjekte edilen numuneyi doğrudan etkileyecektir. Sıcaklık stabilizasyonu, fırın ve peltier soğutucu dahil olmak üzere çeşitli yollarla gerçekleştirilebilir.
HPLC cihazı kullanımı
HPLC sonuç değerlendirme
Mobil faz Nedir
Sıvı Kromatografisi
HPLC Avantaj ve dezavantajları
HPLC cihazı çalışma prensibi
HPLC pik yorumlama
Hplc cihazı ne ise yarar
Enjeksiyon Modları
CE için elektrokinetik ve basınç olmak üzere iki ana enjeksiyon stratejisi vardır. Her tip enjeksiyon modunun avantajları ve dezavantajları vardır. Uygulamaya bağlı olarak uygun mod seçilmelidir.
Elektrokinetik enjeksiyon, numuneyi kılcal damar üzerine enjekte etmek için voltaj kullanılmasını içerir. Numune bir tampon hazne görevi görür (Şekil 1). Bir voltaj uygulanır ve analit (ler) kapiler üzerine göç eder. Enjekte edilen materyal miktarı, analit (ler) in hareketliliğine bağlıdır. Enjekte edilen miktar şu şekilde verilir:
q enjekte edilen miktardır (konsantrasyon ile aynı birimlerde), ben analitin hareketliliğidir, meof EOF hareketliliğidir, V voltajdır, r kapiler yarıçaptır, C konsantrasyondur (g veya mol cinsinden) , t zamandır ve Lt toplam kılcal uzunluktur.
Elektrokinetik enjeksiyon, analit müdahale eden türlerin (farklı hareket kabiliyetlerine sahip) varlığında, kalitatif uygulamalarda veya viskoz tamponlar veya jeller kullanıldığında yararlıdır. İletkenlik, mikro ortamlar ve matris farklılıklarının neden olduğu değişkenlik yeniden üretilebilirliği önemli ölçüde azalttığı için genellikle kantitatif uygulamalar için uygun değildir. Numune tükenmesi önemli bir sorun olabileceğinden, tekrarlanan enjeksiyonlara ihtiyaç duyulduğunda farklı numunelerin kullanılması önerilir.
Basınçlı (veya hidrodinamik) enjeksiyon, numuneyi kılcal damar üzerine “itmek” için basınç kullanımını içerir. Kolona yüklenen numune hareketlilikten bağımsızdır ve kapiler üzerine neyin yüklendiğine göre fark gözetmez. Enjekte edilen miktar Hagen2Poiseuille denklemi tarafından verilir:
burada q enjekte edilen miktardır (Konsantrasyon ile aynı birimlerde), DP uygulanan basınçtır (veya basınç farkı), r kapiler yarıçaptır, C konsantrasyondur (g veya mol cinsinden), t zamandır, Z numune viskozitesi ve Lt toplam kılcal uzunluktur.
Basınçlı enjeksiyon, kantitatif uygulamalar için veya viskoz olmayan tamponlar ve jeller kullanıldığında faydalıdır. Sürenin uzunluğu bant genişlemesini etkileyecektir, bu nedenle bu en aza indirilmelidir, ancak süre çok kısa olursa değişkenlik ortaya çıkabilir. Modern enstrümantasyon, basınçlı enjeksiyon kullanılarak% 1’den daha iyi tekrar üretilebilirliğe izin verir (unutmayın, tipik enjeksiyon hacimleri 102100 nL’dir).
Kapiler
Jorgenson ve Lukacs’ın 1981’deki makalesine kadar, 2 serbest çözelti elektroforezindeki en büyük engel, elektriğin tampon ortamından geçişinin neden olduğu Joule ısısının oluşmasıydı. Isı üretimi, ortam boyunca tekdüze bir şekilde meydana gelir ve uzaklaştırma yalnızca kılcalın duvarları boyunca gerçekleşir, bu nedenle kılcalın merkezi ile tampon2 duvar arayüzü arasında bir sıcaklık gradyanı oluşur.
Merkezdeki daha sıcak sıvı, daha az viskoz olacak ve merkezi bölgelerde elektroforetik hareketliliklerin daha büyük olmasına neden olacaktır. Böylece, elektroforetik tıpa akışı, bölge merkezi kenarlardan daha hızlı hareket ederek eğimli bir şekil geliştirebilir. Kılcal iç çapın küçültülmesi, yüzey-hacim oranını artırmaya ve ısı dağılımını artırmaya hizmet eder.
İç çapı 100 mm’den az olan kapilerler kullanılarak tıpa akışı sağlandıktan sonra, tekniğin hayatta kalmasını sağlamak için ana engel aşıldı. Sonraki zorluk, mikro ölçekte üretim enstrümantasyonu oldu.
Bu nedenle, CE performansı göz önüne alındığında en önemli CE ekipmanının kapiler olduğu söylenebilir. Kapiler ID, OD ve uzunluğa dikkat edilmelidir. Diğer hususlar, pencerenin temizliğini ve kılcal uçların kesilmesini içerir. Kötü seçilmiş veya hazırlanmış bir kılcal damar kötü sonuçlara ve çok değerli zaman kaybına neden olur.
