CGH uygulamaları kanser genetiğinden doğum öncesi tanıya kadar uzanır. Kanserde, delesyonlar ve amplifikasyonlar, tümör baskılayıcı genlerin ve onkogenlerin ekspresyonundaki değişikliklere katkıda bulunur. Yaygın DNA kopya numarası değişikliği, katı tümörlerde yüksek derecede kopya numarasına bağlı ekspresyon olduğu teorisini destekleyen, global gen ekspresyon paternleri üzerinde doğrudan bir etkiye sahiptir.

Diğerlerinin yanı sıra meme kanseri ve böbrek kanseri üzerine yapılan çalışmalar, anormalliklerin sayısının genel sağkalım oranları ve hasta sonuçları ile ilişkili olabileceğini göstermiştir, dolayısıyla genetik instabilite seviyesi prognozun yararlı bir göstergesi olabilir.

CGH, kanserle ilişkili bu kritik genlerin saptanması ve haritalanması için hassas bir tarama yöntemidir ve ayrıca birçok tümörde bulunan yaygın klonal genetik anormalliklerin kalıcı modellerini belirlemek için kullanılmıştır, örn. 13. kromozomda kayıp ve 8q kazancı vardır.

Gelişimsel anormallikler, örn. Down’s, Prader-Willi ve cri-du-chat sendromları, bir kromozomun veya kromozomal bölgenin bir kopyasının kazanılması veya kaybedilmesinden kaynaklanır ve bu bozukluklarda kromozomal anormallikleri tanımlamak için geleneksel sitogenetik kullanılmasına rağmen, CGH’nin katma değeri vardır. hastaların fenotipinden sorumlu olan yeni bölgelerin ve genlerin tanımlanmasına yol açabilecek bilinmeyen ekstragenetik materyalin veya dengesiz anormalliklerin tespiti.

Mikrodiziler

Mikrodizinin 1992 yılında Schena ve diğerleri tarafından geliştirilmesi. biyolojik araştırma yaklaşımında devrim yarattı ve 1992’den beri genetik tarama, proteomik, güvenlik değerlendirmesi ve teşhis gibi alanlarda geniş uygulamalarla birçok genomik araştırma laboratuvarında hızla standart bir araç haline geldi.

Son zamanlarda mikrodizi tabanlı CGH ilkesi tanıtıldı ve geliştirildi. Bu teknikte, klasik CGH tekniğinin metafaz kromozomları, katı bir yüzey üzerinde bakteriyel yapay kromozomlar (BAC’ler), maya yapay kromozomları (YAC’ler) veya kozmidler şeklinde yüksek yoğunluklu bir genomik klon dizisi ile değiştirilir. Bir çip üzerinde CGH’nin bu yeni kombinasyonu, geleneksel CGH’nin bazı sınırlamalarından kaçındı.

Birincisi, geleneksel CGH’nin uzamsal çözünürlüğünün olmaması nedeniyle, çözünürlük kromozomal bantlama düzeyinde kalır. Bununla birlikte, CGH ve mikro-dizi teknolojisini birleştirirken, bu sınırlamanın üstesinden gelinir, böylece çözünürlük iyileştirilir ve geleneksel CGH kullanılarak gözlemlenmeyen genomik dengesizliklerin tanımlanmasına izin verilir. Bununla birlikte, çözünürlüğün klonlanmış DNA ekinin boyutuna göre belirlendiği unutulmamalıdır, bu nedenle bu 100 KB ila 40 MB arasında değişebilir.

DNA hibridizasyonu
Hibridizasyon Nedir
Hibridizasyon Yöntemleri
Nükleik asit hibridizasyonu
İn situ hibridizasyon nedir
Hibridizasyon Nedir tıp
Dna hibridizasyonu nedir
İn situ Hibridizasyon

Yüzlerce genomik lokusun eşzamanlı analizi kapasitesi, verilerin kesinliğini büyük ölçüde artırır ve seri yöntemlere kıyasla maliyeti düşürür. CGH mikrodizileri, bize gelişmiş hassasiyet, geliştirilmiş çözünürlük, daha iyi tekrarlanabilirlik ve daha yüksek verime sahip sapma tespiti için bir platform sağlar.

Bir dizi, numunelerin düzenli bir şekilde düzenlenmesidir ve bir mikrodizi, genellikle 200 mm’den küçük çapta nokta boyutlarına sahiptir. Bunlar ısmarlama olabilir veya ticari olarak temin edilebilen tipler kullanılabilir.

Mikrodizi, dizi elemanlarının sabit bir şekilde bağlanmasına ve minimum arka plan sinyallerine izin vermesi gereken bir yüzey üzerinde yüksek hızlı robotik tarafından üretilir. Dizileme ve görüntüleme enstrümantasyonu şirket içinde monte edilebilir veya doğrudan çeşitli farklı satıcılardan satın alınabilir.

Vysis GenosensorTM Array 300 platformu bakteriyel yapay kromozomlar (BAC’ler) ve P1 yapay kromozomlar (PAC’ler) gibi 287 büyük ekleme klonunun krom kaplı bir yüzey üzerinde lekelenmesine izin veren benzersiz bağlantı kimyasını kullanır.

Üç nokta her bir klonu temsil eder ve bilinen onkogenleri, tümör baskılayıcı genleri, bilinen heterozigotluk kaybı alanlarını, yaygın mikrodelesyonları, alt telomerleri ve işaret klonlarını içerir. Çözünürlük klonun boyutuna bağlıdır ve 100 Kb ile 40 Mb arasında değişebilir.

Spectral Genomics SpectralChipTM, DNA parçalarının işlenmemiş cam yüzeylere benzersiz bir özel kimyasal bağlanmasına dayanır, böylece probların pozitif yüklü yüzeylere spesifik olmayan bağlanmasını ortadan kaldırır. Bu, arka plan gürültüsünü ve floresansı azaltır.

SpectralChip Microarray kiti, genomu yaklaşık 3 Mb aralıklarla kapsayan ve iki kopya halinde tespit edilen 1003 örtüşmeyen BAC klonuna sahip iki dizi içerir. Bu, 3 Mb’den daha büyük bir çözünürlük sağlar.

Literatürde “sonda” ve “hedef” terimleriyle ilgili bazı isimlendirme farklılıklarına dikkat etmek önemlidir. Phimister ve arkadaşlarının tavsiyelerine uyuyoruz, çünkü “sonda” bilinen diziye sahip bağlı nükleik asit anlamına gelirken “hedef”, kişinin tanımlamaya çalıştığı serbest nükleik asit örneğini ifade eder.

Başlangıç ​​Malzemesi

DNA’yı CGH analizi için izole ederken, DNA’nın yüksek kalitede olması zorunludur. Katı tümörlerden DNA, taze veya donmuş dokudan elde edilmelidir, böylece kapsamlı bozulmadan kaçınılmalıdır; ancak bu durumlarda doku alımı her zaman mümkün değildir.

Formalinle sabitlenmiş parafine gömülü dokudan ekstrakte edilen DNA çapraz bağlanacak ve yüksek oranda parçalanmış DNA’dan oluşacaktır ve bu nedenle etiketleme için optimal değildir. Bozunmayı en aza indirmek için, 24 saatten daha kısa bir formalin fiksasyon periyodu ve tercihen nötr pH’lı tamponlu formalin kullanılması tavsiye edilir.

Tümör DNA’sının çevreleyen “normal/kontamine edici” stromadan DNA ile seyreltilmesi, tümör DNA’sının normal DNA’ya oranında kaymalara yol açarak kromozomal anormalliklerin saptanamamasına neden olabilir.

Katı tümörlerde doku heterojenliği problemini iyileştirmek için DNA ekstraksiyonundan önce saf bir hücre popülasyonu elde etmek avantajlıdır. Bu, örneğin manuel diseksiyonla veya bir lazer yakalama mikrodiseksiyon (LCM) sistemi kullanılarak mikrodiseksiyonla elde edilebilir.

Arcturus PixCell1 2 sistemi ile, zarar vermeyen bir kızılötesi lazer, düşük erime sıcaklıklı bir polimeri seçilen hücreler üzerinde eriterek hücrelerin yapışmasını sağlar ve böylece morfolojik olarak tanımlanmış ilgili hücre popülasyonlarını izole eder.

Ancak bu değerli aracın saf tümör DNA’sının elde edilmesinde kullanılmasının bazı sınırlamaları vardır. Teknik, yeterli DNA izolasyonuna izin vermek için yeterli sayıda hücre toplamak için birden fazla bölümden hücrelerin lazerle yakalanmasını gerektiren zaman alıcıdır.

Çoğu CGH çalışması, ticari olarak mevcut DNA ekstraksiyon kitlerinin, afinite kolonlarına dayalı DNA izolasyon kitlerinin ve fenol/kloroform ekstraksiyonlarının kullanımını içerir. Başlangıç ​​materyali olarak formalinle sabitlenmiş parafine gömülü numuneler kullanıldığında, genel ekstraksiyon protokollerinde değişiklikler yapılması gerekecektir.

Kapsamlı çapraz bağlanma nedeniyle, hücre lizis solüsyonunda 3 güne kadar uzayan inkübasyon periyodu ve bu periyot sırasında tekrar tekrar proteinaz K ilavesi tavsiye edilir.

The post Mikrodiziler – Laboratuvar Tanı Bilimi – Laboratuvar Ödevleri – Lab Ödevleri – Kimya Mühendisliği – Kimya Ödev Yaptırma Ücretleri first appeared on Online (Parayla Ödev Yaptırma).